NMR Restraints Grid
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NMR Restraints Grid |
|
Result table
| image | mrblock_id | pdb_id | bmrb_id | cing | stage | program | type | subtype | item_count |
|
|
34812 |
1kka   |
5256 | cing | 2-parsed | STAR | entry | full | 400 |
data_1kka_MR_file_constraints
save_Conversion_project
_Study_list.Sf_category study_list
_Study_list.Entry_ID parsed_1kka
_Study_list.ID 1
loop_
_Study.ID
_Study.Name
_Study.Type
_Study.Details
_Study.Entry_ID
_Study.Study_list_ID
1 "Conversion project" NMR . parsed_1kka 1
stop_
save_
save_entry_information
_Entry.Sf_category entry_information
_Entry.ID parsed_1kka
_Entry.Title "Original constraint list(s)"
_Entry.Version_type original
_Entry.Submission_date .
_Entry.Accession_date .
_Entry.Last_release_date .
_Entry.Original_release_date .
_Entry.Origination .
_Entry.NMR_STAR_version 3.1
_Entry.Original_NMR_STAR_version .
_Entry.Experimental_method NMR
_Entry.Experimental_method_subtype .
loop_
_Related_entries.Database_name
_Related_entries.Database_accession_code
_Related_entries.Relationship
_Related_entries.Entry_ID
PDB 1kka "Master copy" parsed_1kka
stop_
save_
save_global_Org_file_characteristics
_Constraint_stat_list.Sf_category constraint_statistics
_Constraint_stat_list.Entry_ID parsed_1kka
_Constraint_stat_list.ID 1
loop_
_Constraint_file.ID
_Constraint_file.Constraint_filename
_Constraint_file.Software_ID
_Constraint_file.Software_label
_Constraint_file.Software_name
_Constraint_file.Block_ID
_Constraint_file.Constraint_type
_Constraint_file.Constraint_subtype
_Constraint_file.Constraint_subsubtype
_Constraint_file.Constraint_number
_Constraint_file.Entry_ID
_Constraint_file.Constraint_stat_list_ID
1 1kka.mr . . "MR format" 1 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_1kka 1
1 1kka.mr . . XPLOR/CNS 2 distance "hydrogen bond" simple 36 parsed_1kka 1
1 1kka.mr . . XPLOR/CNS 3 distance NOE simple 294 parsed_1kka 1
1 1kka.mr . . XPLOR/CNS 4 "dihedral angle" "Not applicable" "Not applicable" 70 parsed_1kka 1
1 1kka.mr . . "MR format" 5 "nomenclature mapping" "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_1kka 1
stop_
save_
save_MR_file_comment_1
_Org_constr_file_comment.Sf_category org_constr_file_comment
_Org_constr_file_comment.Entry_ID parsed_1kka
_Org_constr_file_comment.ID 1
_Org_constr_file_comment.Constraint_file_ID 1
_Org_constr_file_comment.Block_ID 1
_Org_constr_file_comment.Details "Generated by Wattos"
_Org_constr_file_comment.Comment
;
*HEADER RNA 06-DEC-01 1KKA
*TITLE SOLUTION STRUCTURE OF THE UNMODIFIED ANTICODON STEM-LOOP
*TITLE 2 FROM E. COLI TRNA(PHE)
*COMPND MOL_ID: 1;
*COMPND 2 MOLECULE: ANTICODON STEM-LOOP OF TRNA(PHE);
*COMPND 3 CHAIN: A;
*COMPND 4 ENGINEERED: YES
*SOURCE MOL_ID: 1;
*SOURCE 2 SYNTHETIC: YES;
*SOURCE 3 OTHER_DETAILS: T7 RNA POLYMERASE IN VITRO TRANSCRIPTION
*KEYWDS RNA STEM-LOOP, TRINUCLEOTIDE LOOP, HAIRPIN
*EXPDTA NMR, 8 STRUCTURES
*AUTHOR J.CABELLO-VILLEGAS, M.E.WINKLER, E.P.NIKONOWICZ
*REVDAT 1 17-JUL-02 1KKA 0
;
save_
save_CNS/XPLOR_distance_constraints_2
_Distance_constraint_list.Sf_category distance_constraints
_Distance_constraint_list.Entry_ID parsed_1kka
_Distance_constraint_list.ID 1
_Distance_constraint_list.Constraint_type "hydrogen bond"
_Distance_constraint_list.Constraint_file_ID 1
_Distance_constraint_list.Block_ID 2
_Distance_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
loop_
_Dist_constraint_tree.Constraint_ID
_Dist_constraint_tree.Node_ID
_Dist_constraint_tree.Down_node_ID
_Dist_constraint_tree.Right_node_ID
_Dist_constraint_tree.Logic_operation
_Dist_constraint_tree.Entry_ID
_Dist_constraint_tree.Distance_constraint_list_ID
1 1 . . . parsed_1kka 1
2 1 . . . parsed_1kka 1
3 1 . . . parsed_1kka 1
4 1 . . . parsed_1kka 1
5 1 . . . parsed_1kka 1
6 1 . . . parsed_1kka 1
7 1 . . . parsed_1kka 1
8 1 . . . parsed_1kka 1
9 1 . . . parsed_1kka 1
10 1 . . . parsed_1kka 1
11 1 . . . parsed_1kka 1
12 1 . . . parsed_1kka 1
13 1 . . . parsed_1kka 1
14 1 . . . parsed_1kka 1
15 1 . . . parsed_1kka 1
16 1 . . . parsed_1kka 1
17 1 . . . parsed_1kka 1
18 1 . . . parsed_1kka 1
19 1 . . . parsed_1kka 1
20 1 . . . parsed_1kka 1
21 1 . . . parsed_1kka 1
22 1 . . . parsed_1kka 1
23 1 . . . parsed_1kka 1
24 1 . . . parsed_1kka 1
25 1 . . . parsed_1kka 1
26 1 . . . parsed_1kka 1
27 1 . . . parsed_1kka 1
28 1 . . . parsed_1kka 1
29 1 . . . parsed_1kka 1
30 1 . . . parsed_1kka 1
31 1 . . . parsed_1kka 1
32 1 . . . parsed_1kka 1
33 1 . . . parsed_1kka 1
34 1 . . . parsed_1kka 1
35 1 . . . parsed_1kka 1
36 1 . . . parsed_1kka 1
stop_
loop_
_Dist_constraint.Tree_node_member_constraint_ID
_Dist_constraint.Tree_node_member_node_ID
_Dist_constraint.Constraint_tree_node_member_ID
_Dist_constraint.Assembly_atom_ID
_Dist_constraint.Entity_assembly_ID
_Dist_constraint.Entity_ID
_Dist_constraint.Comp_index_ID
_Dist_constraint.Seq_ID
_Dist_constraint.Comp_ID
_Dist_constraint.Atom_ID
_Dist_constraint.Resonance_ID
_Dist_constraint.Auth_asym_ID
_Dist_constraint.Auth_seq_ID
_Dist_constraint.Auth_comp_ID
_Dist_constraint.Auth_atom_ID
_Dist_constraint.Entry_ID
_Dist_constraint.Distance_constraint_list_ID
1 1 1 . . . . . . . . . 1 . O6 parsed_1kka 1
1 1 2 . . . . . . . . . 17 . H42 parsed_1kka 1
2 1 1 . . . . . . . . . 1 . O6 parsed_1kka 1
2 1 2 . . . . . . . . . 17 . N4 parsed_1kka 1
3 1 1 . . . . . . . . . 1 . H1 parsed_1kka 1
3 1 2 . . . . . . . . . 17 . N3 parsed_1kka 1
4 1 1 . . . . . . . . . 1 . N1 parsed_1kka 1
4 1 2 . . . . . . . . . 17 . N3 parsed_1kka 1
5 1 1 . . . . . . . . . 1 . H22 parsed_1kka 1
5 1 2 . . . . . . . . . 17 . O2 parsed_1kka 1
6 1 1 . . . . . . . . . 1 . N2 parsed_1kka 1
6 1 2 . . . . . . . . . 17 . O2 parsed_1kka 1
7 1 1 . . . . . . . . . 2 . O6 parsed_1kka 1
7 1 2 . . . . . . . . . 16 . H42 parsed_1kka 1
8 1 1 . . . . . . . . . 2 . O6 parsed_1kka 1
8 1 2 . . . . . . . . . 16 . N4 parsed_1kka 1
9 1 1 . . . . . . . . . 2 . H1 parsed_1kka 1
9 1 2 . . . . . . . . . 16 . N3 parsed_1kka 1
10 1 1 . . . . . . . . . 2 . N1 parsed_1kka 1
10 1 2 . . . . . . . . . 16 . N3 parsed_1kka 1
11 1 1 . . . . . . . . . 2 . H22 parsed_1kka 1
11 1 2 . . . . . . . . . 16 . O2 parsed_1kka 1
12 1 1 . . . . . . . . . 2 . N2 parsed_1kka 1
12 1 2 . . . . . . . . . 16 . O2 parsed_1kka 1
13 1 1 . . . . . . . . . 3 . O6 parsed_1kka 1
13 1 2 . . . . . . . . . 15 . H42 parsed_1kka 1
14 1 1 . . . . . . . . . 3 . O6 parsed_1kka 1
14 1 2 . . . . . . . . . 15 . N4 parsed_1kka 1
15 1 1 . . . . . . . . . 3 . H1 parsed_1kka 1
15 1 2 . . . . . . . . . 15 . N3 parsed_1kka 1
16 1 1 . . . . . . . . . 3 . N1 parsed_1kka 1
16 1 2 . . . . . . . . . 15 . N3 parsed_1kka 1
17 1 1 . . . . . . . . . 3 . H22 parsed_1kka 1
17 1 2 . . . . . . . . . 15 . O2 parsed_1kka 1
18 1 1 . . . . . . . . . 3 . N2 parsed_1kka 1
18 1 2 . . . . . . . . . 15 . O2 parsed_1kka 1
19 1 1 . . . . . . . . . 4 . O6 parsed_1kka 1
19 1 2 . . . . . . . . . 14 . H42 parsed_1kka 1
20 1 1 . . . . . . . . . 4 . O6 parsed_1kka 1
20 1 2 . . . . . . . . . 14 . N4 parsed_1kka 1
21 1 1 . . . . . . . . . 4 . H1 parsed_1kka 1
21 1 2 . . . . . . . . . 14 . N3 parsed_1kka 1
22 1 1 . . . . . . . . . 4 . N1 parsed_1kka 1
22 1 2 . . . . . . . . . 14 . N3 parsed_1kka 1
23 1 1 . . . . . . . . . 4 . H22 parsed_1kka 1
23 1 2 . . . . . . . . . 14 . O2 parsed_1kka 1
24 1 1 . . . . . . . . . 4 . N2 parsed_1kka 1
24 1 2 . . . . . . . . . 14 . O2 parsed_1kka 1
25 1 1 . . . . . . . . . 5 . H61 parsed_1kka 1
25 1 2 . . . . . . . . . 13 . O4 parsed_1kka 1
26 1 1 . . . . . . . . . 5 . N6 parsed_1kka 1
26 1 2 . . . . . . . . . 13 . O4 parsed_1kka 1
27 1 1 . . . . . . . . . 5 . N1 parsed_1kka 1
27 1 2 . . . . . . . . . 13 . H3 parsed_1kka 1
28 1 1 . . . . . . . . . 5 . N1 parsed_1kka 1
28 1 2 . . . . . . . . . 13 . N3 parsed_1kka 1
29 1 1 . . . . . . . . . 6 . O4 parsed_1kka 1
29 1 2 . . . . . . . . . 12 . H61 parsed_1kka 1
30 1 1 . . . . . . . . . 6 . O4 parsed_1kka 1
30 1 2 . . . . . . . . . 12 . N6 parsed_1kka 1
31 1 1 . . . . . . . . . 6 . H3 parsed_1kka 1
31 1 2 . . . . . . . . . 12 . N1 parsed_1kka 1
32 1 1 . . . . . . . . . 6 . N3 parsed_1kka 1
32 1 2 . . . . . . . . . 12 . N1 parsed_1kka 1
33 1 1 . . . . . . . . . 7 . O4 parsed_1kka 1
33 1 2 . . . . . . . . . 11 . H61 parsed_1kka 1
34 1 1 . . . . . . . . . 7 . O4 parsed_1kka 1
34 1 2 . . . . . . . . . 11 . N6 parsed_1kka 1
35 1 1 . . . . . . . . . 7 . H3 parsed_1kka 1
35 1 2 . . . . . . . . . 11 . N1 parsed_1kka 1
36 1 1 . . . . . . . . . 7 . N3 parsed_1kka 1
36 1 2 . . . . . . . . . 11 . N1 parsed_1kka 1
stop_
loop_
_Dist_constraint_value.Constraint_ID
_Dist_constraint_value.Tree_node_ID
_Dist_constraint_value.Source_experiment_ID
_Dist_constraint_value.Spectral_peak_ID
_Dist_constraint_value.Intensity_val
_Dist_constraint_value.Intensity_lower_val_err
_Dist_constraint_value.Intensity_upper_val_err
_Dist_constraint_value.Distance_val
_Dist_constraint_value.Distance_lower_bound_val
_Dist_constraint_value.Distance_upper_bound_val
_Dist_constraint_value.Entry_ID
_Dist_constraint_value.Distance_constraint_list_ID
1 1 . . . . . 2.00 1.80 2.20 parsed_1kka 1
2 1 . . . . . 2.90 2.60 3.20 parsed_1kka 1
3 1 . . . . . 2.00 1.80 2.20 parsed_1kka 1
4 1 . . . . . 2.90 2.60 3.20 parsed_1kka 1
5 1 . . . . . 2.00 1.80 2.20 parsed_1kka 1
6 1 . . . . . 2.90 2.60 3.20 parsed_1kka 1
7 1 . . . . . 2.00 1.80 2.20 parsed_1kka 1
8 1 . . . . . 2.90 2.60 3.20 parsed_1kka 1
9 1 . . . . . 2.00 1.80 2.20 parsed_1kka 1
10 1 . . . . . 2.90 2.60 3.20 parsed_1kka 1
11 1 . . . . . 2.00 1.80 2.20 parsed_1kka 1
12 1 . . . . . 2.90 2.60 3.20 parsed_1kka 1
13 1 . . . . . 2.00 1.80 2.20 parsed_1kka 1
14 1 . . . . . 2.90 2.60 3.20 parsed_1kka 1
15 1 . . . . . 2.00 1.80 2.20 parsed_1kka 1
16 1 . . . . . 2.90 2.60 3.20 parsed_1kka 1
17 1 . . . . . 2.00 1.80 2.20 parsed_1kka 1
18 1 . . . . . 2.90 2.60 3.20 parsed_1kka 1
19 1 . . . . . 2.00 1.80 2.20 parsed_1kka 1
20 1 . . . . . 2.90 2.60 3.20 parsed_1kka 1
21 1 . . . . . 2.00 1.80 2.20 parsed_1kka 1
22 1 . . . . . 2.90 2.60 3.20 parsed_1kka 1
23 1 . . . . . 2.00 1.80 2.20 parsed_1kka 1
24 1 . . . . . 2.90 2.60 3.20 parsed_1kka 1
25 1 . . . . . 2.00 1.80 2.20 parsed_1kka 1
26 1 . . . . . 2.90 2.60 3.20 parsed_1kka 1
27 1 . . . . . 2.00 1.80 2.20 parsed_1kka 1
28 1 . . . . . 2.90 2.60 3.20 parsed_1kka 1
29 1 . . . . . 2.00 1.80 2.20 parsed_1kka 1
30 1 . . . . . 2.90 2.60 3.20 parsed_1kka 1
31 1 . . . . . 2.00 1.80 2.20 parsed_1kka 1
32 1 . . . . . 2.90 2.60 3.20 parsed_1kka 1
33 1 . . . . . 2.00 1.80 3.20 parsed_1kka 1
34 1 . . . . . 2.90 2.60 4.20 parsed_1kka 1
35 1 . . . . . 2.00 1.80 3.20 parsed_1kka 1
36 1 . . . . . 2.90 2.60 4.20 parsed_1kka 1
stop_
loop_
_Dist_constraint_comment_org.ID
_Dist_constraint_comment_org.Comment_text
_Dist_constraint_comment_org.Comment_begin_line
_Dist_constraint_comment_org.Comment_begin_column
_Dist_constraint_comment_org.Comment_end_line
_Dist_constraint_comment_org.Comment_end_column
_Dist_constraint_comment_org.Entry_ID
_Dist_constraint_comment_org.Distance_constraint_list_ID
1
;
G1 corresponds to G27 of E.coli tRNA-Phe
A9
G8 A10
U7 - A11
U6 - A12
A5 - U13
G4 - C14
G3 - C15
G2 - C16
G1 - C17
5' 3'
Base-pairing constraints for the A37 stemloop
G1-C17
;
1 1 23 3 parsed_1kka 1
2 G2-C16 30 1 32 3 parsed_1kka 1
3 G3-C15 39 1 41 3 parsed_1kka 1
4 G4-C14 48 1 50 3 parsed_1kka 1
5 A5-U13 57 1 59 3 parsed_1kka 1
6 U6-A12 64 1 66 3 parsed_1kka 1
7
;
incluido el 4/16/99
U7-A11
;
71 1 75 2 parsed_1kka 1
8 "incluido el 5/20/99 y modif 6/06/00" 80 1 80 38 parsed_1kka 1
stop_
save_
save_CNS/XPLOR_distance_constraints_3
_Distance_constraint_list.Sf_category distance_constraints
_Distance_constraint_list.Entry_ID parsed_1kka
_Distance_constraint_list.ID 2
_Distance_constraint_list.Constraint_type NOE
_Distance_constraint_list.Constraint_file_ID 1
_Distance_constraint_list.Block_ID 3
_Distance_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
loop_
_Dist_constraint_tree.Constraint_ID
_Dist_constraint_tree.Node_ID
_Dist_constraint_tree.Down_node_ID
_Dist_constraint_tree.Right_node_ID
_Dist_constraint_tree.Logic_operation
_Dist_constraint_tree.Entry_ID
_Dist_constraint_tree.Distance_constraint_list_ID
1 1 . . . parsed_1kka 2
2 1 . . . parsed_1kka 2
3 1 . . . parsed_1kka 2
4 1 . . . parsed_1kka 2
5 1 . . . parsed_1kka 2
6 1 . . . parsed_1kka 2
7 1 . . . parsed_1kka 2
8 1 . . . parsed_1kka 2
9 1 . . . parsed_1kka 2
10 1 . . . parsed_1kka 2
11 1 . . . parsed_1kka 2
12 1 . . . parsed_1kka 2
13 1 . . . parsed_1kka 2
14 1 . . . parsed_1kka 2
15 1 . . . parsed_1kka 2
16 1 . . . parsed_1kka 2
17 1 . . . parsed_1kka 2
18 1 . . . parsed_1kka 2
19 1 . . . parsed_1kka 2
20 1 . . . parsed_1kka 2
21 1 . . . parsed_1kka 2
22 1 . . . parsed_1kka 2
23 1 . . . parsed_1kka 2
24 1 . . . parsed_1kka 2
25 1 . . . parsed_1kka 2
26 1 . . . parsed_1kka 2
27 1 . . . parsed_1kka 2
28 1 . . . parsed_1kka 2
29 1 . . . parsed_1kka 2
30 1 . . . parsed_1kka 2
31 1 . . . parsed_1kka 2
32 1 . . . parsed_1kka 2
33 1 . . . parsed_1kka 2
34 1 . . . parsed_1kka 2
35 1 . . . parsed_1kka 2
36 1 . . . parsed_1kka 2
37 1 . . . parsed_1kka 2
38 1 . . . parsed_1kka 2
39 1 . . . parsed_1kka 2
40 1 . . . parsed_1kka 2
41 1 . . . parsed_1kka 2
42 1 . . . parsed_1kka 2
43 1 . . . parsed_1kka 2
44 1 . . . parsed_1kka 2
45 1 . . . parsed_1kka 2
46 1 . . . parsed_1kka 2
47 1 . . . parsed_1kka 2
48 1 . . . parsed_1kka 2
49 1 . . . parsed_1kka 2
50 1 . . . parsed_1kka 2
51 1 . . . parsed_1kka 2
52 1 . . . parsed_1kka 2
53 1 . . . parsed_1kka 2
54 1 . . . parsed_1kka 2
55 1 . . . parsed_1kka 2
56 1 . . . parsed_1kka 2
57 1 . . . parsed_1kka 2
58 1 . . . parsed_1kka 2
59 1 . . . parsed_1kka 2
60 1 . . . parsed_1kka 2
61 1 . . . parsed_1kka 2
62 1 . . . parsed_1kka 2
63 1 . . . parsed_1kka 2
64 1 . . . parsed_1kka 2
65 1 . . . parsed_1kka 2
66 1 . . . parsed_1kka 2
67 1 . . . parsed_1kka 2
68 1 . . . parsed_1kka 2
69 1 . . . parsed_1kka 2
70 1 . . . parsed_1kka 2
71 1 . . . parsed_1kka 2
72 1 . . . parsed_1kka 2
73 1 . . . parsed_1kka 2
74 1 . . . parsed_1kka 2
75 1 . . . parsed_1kka 2
76 1 . . . parsed_1kka 2
77 1 . . . parsed_1kka 2
78 1 . . . parsed_1kka 2
79 1 . . . parsed_1kka 2
80 1 . . . parsed_1kka 2
81 1 . . . parsed_1kka 2
82 1 . . . parsed_1kka 2
83 1 . . . parsed_1kka 2
84 1 . . . parsed_1kka 2
85 1 . . . parsed_1kka 2
86 1 . . . parsed_1kka 2
87 1 . . . parsed_1kka 2
88 1 . . . parsed_1kka 2
89 1 . . . parsed_1kka 2
90 1 . . . parsed_1kka 2
91 1 . . . parsed_1kka 2
92 1 . . . parsed_1kka 2
93 1 . . . parsed_1kka 2
94 1 . . . parsed_1kka 2
95 1 . . . parsed_1kka 2
96 1 . . . parsed_1kka 2
97 1 . . . parsed_1kka 2
98 1 . . . parsed_1kka 2
99 1 . . . parsed_1kka 2
100 1 . . . parsed_1kka 2
101 1 . . . parsed_1kka 2
102 1 . . . parsed_1kka 2
103 1 . . . parsed_1kka 2
104 1 . . . parsed_1kka 2
105 1 . . . parsed_1kka 2
106 1 . . . parsed_1kka 2
107 1 . . . parsed_1kka 2
108 1 . . . parsed_1kka 2
109 1 . . . parsed_1kka 2
110 1 . . . parsed_1kka 2
111 1 . . . parsed_1kka 2
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30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170.0 250.0 . ACSL 2 . C4' ACSL 2 . C3' ACSL 2 . O3' ACSL 3 . P parsed_1kka 1
31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170.0 250.0 . ACSL 3 . C4' ACSL 3 . C3' ACSL 3 . O3' ACSL 4 . P parsed_1kka 1
32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170.0 250.0 . ACSL 4 . C4' ACSL 4 . C3' ACSL 4 . O3' ACSL 5 . P parsed_1kka 1
33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170.0 250.0 . ACSL 5 . C4' ACSL 5 . C3' ACSL 5 . O3' ACSL 6 . P parsed_1kka 1
34 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170.0 250.0 . ACSL 6 . C4' ACSL 6 . C3' ACSL 6 . O3' ACSL 7 . P parsed_1kka 1
35 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170.0 250.0 . ACSL 7 . C4' ACSL 7 . C3' ACSL 7 . O3' ACSL 8 . P parsed_1kka 1
36 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170.0 300.0 . ACSL 8 . C4' ACSL 8 . C3' ACSL 8 . O3' ACSL 9 . P parsed_1kka 1
37 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 220.0 300.0 . ACSL 9 . C4' ACSL 9 . C3' ACSL 9 . O3' ACSL 10 . P parsed_1kka 1
38 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170.0 300.0 . ACSL 10 . C4' ACSL 10 . C3' ACSL 10 . O3' ACSL 11 . P parsed_1kka 1
39 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170.0 250.0 . ACSL 11 . C4' ACSL 11 . C3' ACSL 11 . O3' ACSL 12 . P parsed_1kka 1
40 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170.0 250.0 . ACSL 12 . C4' ACSL 12 . C3' ACSL 12 . O3' ACSL 13 . P parsed_1kka 1
41 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170.0 250.0 . ACSL 13 . C4' ACSL 13 . C3' ACSL 13 . O3' ACSL 14 . P parsed_1kka 1
42 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170.0 250.0 . ACSL 14 . C4' ACSL 14 . C3' ACSL 14 . O3' ACSL 15 . P parsed_1kka 1
43 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170.0 250.0 . ACSL 15 . C4' ACSL 15 . C3' ACSL 15 . O3' ACSL 16 . P parsed_1kka 1
44 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170.0 250.0 . ACSL 16 . C4' ACSL 16 . C3' ACSL 16 . O3' ACSL 17 . P parsed_1kka 1
45 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2.4 4.4 . ACSL 2 . C2' ACSL 2 . C1' ACSL 2 . O4' ACSL 2 . C4' parsed_1kka 1
46 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 321.5 326.5 . ACSL 2 . O4' ACSL 2 . C4' ACSL 2 . C3' ACSL 2 . C2' parsed_1kka 1
47 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2.4 4.4 . ACSL 3 . C2' ACSL 3 . C1' ACSL 3 . O4' ACSL 3 . C4' parsed_1kka 1
48 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 321.5 326.5 . ACSL 3 . O4' ACSL 3 . C4' ACSL 3 . C3' ACSL 3 . C2' parsed_1kka 1
49 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2.4 4.4 . ACSL 4 . C2' ACSL 4 . C1' ACSL 4 . O4' ACSL 4 . C4' parsed_1kka 1
50 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 321.5 326.5 . ACSL 4 . O4' ACSL 4 . C4' ACSL 4 . C3' ACSL 4 . C2' parsed_1kka 1
51 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2.4 4.4 . ACSL 5 . C2' ACSL 5 . C1' ACSL 5 . O4' ACSL 5 . C4' parsed_1kka 1
52 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 321.5 326.5 . ACSL 5 . O4' ACSL 5 . C4' ACSL 5 . C3' ACSL 5 . C2' parsed_1kka 1
53 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2.4 4.4 . ACSL 6 . C2' ACSL 6 . C1' ACSL 6 . O4' ACSL 6 . C4' parsed_1kka 1
54 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 321.5 326.5 . ACSL 6 . O4' ACSL 6 . C4' ACSL 6 . C3' ACSL 6 . C2' parsed_1kka 1
55 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2.4 4.4 . ACSL 12 . C2' ACSL 12 . C1' ACSL 12 . O4' ACSL 12 . C4' parsed_1kka 1
56 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 321.5 326.5 . ACSL 12 . O4' ACSL 12 . C4' ACSL 12 . C3' ACSL 12 . C2' parsed_1kka 1
57 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2.4 4.4 . ACSL 13 . C2' ACSL 13 . C1' ACSL 13 . O4' ACSL 13 . C4' parsed_1kka 1
58 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 321.5 326.5 . ACSL 13 . O4' ACSL 13 . C4' ACSL 13 . C3' ACSL 13 . C2' parsed_1kka 1
59 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2.4 4.4 . ACSL 14 . C2' ACSL 14 . C1' ACSL 14 . O4' ACSL 14 . C4' parsed_1kka 1
60 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 321.5 326.5 . ACSL 14 . O4' ACSL 14 . C4' ACSL 14 . C3' ACSL 14 . C2' parsed_1kka 1
61 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2.4 4.4 . ACSL 15 . C2' ACSL 15 . C1' ACSL 15 . O4' ACSL 15 . C4' parsed_1kka 1
62 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 321.5 326.5 . ACSL 15 . O4' ACSL 15 . C4' ACSL 15 . C3' ACSL 15 . C2' parsed_1kka 1
63 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2.4 4.4 . ACSL 16 . C2' ACSL 16 . C1' ACSL 16 . O4' ACSL 16 . C4' parsed_1kka 1
64 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 321.5 326.5 . ACSL 16 . O4' ACSL 16 . C4' ACSL 16 . C3' ACSL 16 . C2' parsed_1kka 1
65 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2.4 4.4 . ACSL 17 . C2' ACSL 17 . C1' ACSL 17 . O4' ACSL 17 . C4' parsed_1kka 1
66 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 321.5 326.5 . ACSL 17 . O4' ACSL 17 . C4' ACSL 17 . C3' ACSL 17 . C2' parsed_1kka 1
67 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 353.5 358.5 . ACSL 8 . C2' ACSL 8 . C1' ACSL 8 . O4' ACSL 8 . C4' parsed_1kka 1
68 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32.0 34.0 . ACSL 8 . O4' ACSL 8 . C4' ACSL 8 . C3' ACSL 8 . C2' parsed_1kka 1
69 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 353.5 358.5 . ACSL 9 . C2' ACSL 9 . C1' ACSL 9 . O4' ACSL 9 . C4' parsed_1kka 1
70 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32.0 34.0 . ACSL 9 . O4' ACSL 9 . C4' ACSL 9 . C3' ACSL 9 . C2' parsed_1kka 1
stop_
loop_
_TA_constraint_comment_org.ID
_TA_constraint_comment_org.Comment_text
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_TA_constraint_comment_org.Comment_end_column
_TA_constraint_comment_org.Entry_ID
_TA_constraint_comment_org.Torsion_angle_constraint_list_ID
1
;
backbone alpha + zeta constraints para A37
A9
G8 A10
U7 A11
U6 - A12
A5 - U13
G4 - C14
G3 - C15
G2 - C16
G1 - C17
5' 3'
****************************************************************************
alpha
****************************************************************************
note: since all P31 shifts cluster together, alpha and zeta are being
constrained to exclude the trans conformation
G1 (no constraint: no 5' phosphate in molecular model)
G2
;
1 1 29 3 parsed_1kka 1
2 G3 34 1 36 3 parsed_1kka 1
3 G4 41 1 43 3 parsed_1kka 1
4 A5 48 1 50 3 parsed_1kka 1
5 U6 55 1 57 3 parsed_1kka 1
6 U13 62 1 64 3 parsed_1kka 1
7 C14 69 1 71 3 parsed_1kka 1
8 C15 76 1 78 3 parsed_1kka 1
9 C16 83 1 85 3 parsed_1kka 1
10 C17 90 1 92 3 parsed_1kka 1
11
;
****************************************************************************
zeta
****************************************************************************
note: since all P31 shifts cluster together, alpha and zeta are being
constrained to within exclude the trans conformation
G1
;
97 1 108 3 parsed_1kka 1
12 G2 113 1 115 3 parsed_1kka 1
13 G3 120 1 122 3 parsed_1kka 1
14 G4 127 1 129 3 parsed_1kka 1
15 A5 134 1 136 3 parsed_1kka 1
16 A12 141 1 143 3 parsed_1kka 1
17 U13 149 1 150 3 parsed_1kka 1
18 C14 156 1 157 3 parsed_1kka 1
19 C15 162 1 164 3 parsed_1kka 1
20 C16 169 1 171 3 parsed_1kka 1
21
;
Beta torsion angle constraints
G3
;
176 1 178 4 parsed_1kka 1
22 G4 184 1 184 4 parsed_1kka 1
23 A5 190 1 190 4 parsed_1kka 1
24
;
Gamma torsion angle constraints
A8 4/17/01
;
195 1 197 13 parsed_1kka 1
25 "A10 4/17/01" 203 1 203 13 parsed_1kka 1
26 C14 209 1 209 5 parsed_1kka 1
27 "C15 4/17/01" 215 1 215 13 parsed_1kka 1
28 "C16 4/17/01" 221 1 221 13 parsed_1kka 1
29
;
Epsilon torsion angles
trans o gauche-
G1 trans
;
227 1 230 10 parsed_1kka 1
30 "G2 trans" 235 1 235 10 parsed_1kka 1
31 "G3 trans" 240 1 240 10 parsed_1kka 1
32 "G4 trans" 245 1 245 10 parsed_1kka 1
33 "A5 trans" 250 1 250 10 parsed_1kka 1
34 "U6 trans" 255 1 255 10 parsed_1kka 1
35 "U7 trans" 260 1 260 10 parsed_1kka 1
36 "G8 trans o gauche-" 265 1 265 20 parsed_1kka 1
37 "A9 gauche- SOLO 48ms LOWER DA <5Hz puesto 7/2/00" 270 1 270 50 parsed_1kka 1
38 "A10 trans? o gauche-" 275 1 275 23 parsed_1kka 1
39 "A11 trans" 280 1 280 11 parsed_1kka 1
40 "U12 trans" 285 1 285 11 parsed_1kka 1
41 "C13 trans" 290 1 290 11 parsed_1kka 1
42 "C14 trans" 295 1 295 11 parsed_1kka 1
43 "C15 trans" 300 1 300 11 parsed_1kka 1
44 "C16 trans" 305 1 305 11 parsed_1kka 1
45
;
Torsion angle constraints about delta and nu 0
to apply c3 or c2 prime endo sugar pucker
Angles determined from model built A-form/B-form ribose
3'ENDO SUGAR CONSTRAINTS (for residues 1,2,3,4,5,6,12,13,14,15,16,17)
;
313 1 317 73 parsed_1kka 1
46 "2'ENDO SUGAR CONSTRAINTS (for residues 8,9)" 406 1 408 2 parsed_1kka 1
47
;
assign (segid ACSL and resid 10 and name C2')
(segid ACSL and resid 10 and name C1')
(segid ACSL and resid 10 and name O4')
(segid ACSL and resid 10 and name C4') 20.0 356 2.5 2
assign (segid ACSL and resid 10 and name O4')
(segid ACSL and resid 10 and name C4')
(segid ACSL and resid 10 and name C3')
(segid ACSL and resid 10 and name C2') 20.0 33 1.0 2
UNCONSTRAINED SUGAR PUCKER (residues 7,10,11)
;
425 1 435 2 parsed_1kka 1
stop_
save_
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