NMR Restraints Grid
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NMR Restraints Grid |
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Result table
| image | mrblock_id | pdb_id | bmrb_id | cing | stage | program | type | item_count |
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623983 |
6ez0   |
34199 | cing | 2-parsed | STAR | dihedral angle | 202 |
data_6ez0_MR_file_constraints
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_Study_list.Entry_ID parsed_6ez0
_Study_list.ID 1
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1 "Conversion project" NMR . parsed_6ez0 1
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_Entry.Sf_category entry_information
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_Entry.Version_type original
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_Entry.Accession_date .
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_Entry.Origination .
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_Entry.Experimental_method NMR
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loop_
_Related_entries.Database_name
_Related_entries.Database_accession_code
_Related_entries.Relationship
_Related_entries.Entry_ID
PDB 6ez0 "Master copy" parsed_6ez0
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_Constraint_stat_list.Entry_ID parsed_6ez0
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_Constraint_file.Constraint_stat_list_ID
1 6ez0.mr . . "MR format" 1 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_6ez0 1
1 6ez0.mr . . XPLOR/CNS 2 distance NOE simple 604 parsed_6ez0 1
1 6ez0.mr . . XPLOR/CNS 3 "dihedral angle" "Not applicable" "Not applicable" 202 parsed_6ez0 1
1 6ez0.mr . . "MR format" 4 "nomenclature mapping" "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_6ez0 1
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_Torsion_angle_constraint_list.Sf_category torsion_angle_constraints
_Torsion_angle_constraint_list.Entry_ID parsed_6ez0
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_Torsion_angle_constraint_list.Block_ID 3
_Torsion_angle_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
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_Torsion_angle_constraint.Entry_ID
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1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65.0 105.0 . . 2 . C5' . 2 . C4' . 2 . C3' . 2 . O3' parsed_6ez0 1
2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -45.0 -5.0 . . 2 . O4' . 2 . C1' . 2 . C2' . 2 . C3' parsed_6ez0 1
3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17.3 57.3 . . 2 . C1' . 2 . C2' . 2 . C3' . 2 . C4' parsed_6ez0 1
4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65.0 105.0 . . 3 . C5' . 3 . C4' . 3 . C3' . 3 . O3' parsed_6ez0 1
5 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -45.0 -5.0 . . 3 . O4' . 3 . C1' . 3 . C2' . 3 . C3' parsed_6ez0 1
6 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17.3 57.3 . . 3 . C1' . 3 . C2' . 3 . C3' . 3 . C4' parsed_6ez0 1
7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65.0 105.0 . . 4 . C5' . 4 . C4' . 4 . C3' . 4 . O3' parsed_6ez0 1
8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -45.0 -5.0 . . 4 . O4' . 4 . C1' . 4 . C2' . 4 . C3' parsed_6ez0 1
9 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17.3 57.3 . . 4 . C1' . 4 . C2' . 4 . C3' . 4 . C4' parsed_6ez0 1
10 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65.0 105.0 . . 5 . C5' . 5 . C4' . 5 . C3' . 5 . O3' parsed_6ez0 1
11 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -45.0 -5.0 . . 5 . O4' . 5 . C1' . 5 . C2' . 5 . C3' parsed_6ez0 1
12 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17.3 57.3 . . 5 . C1' . 5 . C2' . 5 . C3' . 5 . C4' parsed_6ez0 1
13 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65.0 105.0 . . 6 . C5' . 6 . C4' . 6 . C3' . 6 . O3' parsed_6ez0 1
14 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -45.0 -5.0 . . 6 . O4' . 6 . C1' . 6 . C2' . 6 . C3' parsed_6ez0 1
15 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17.3 57.3 . . 6 . C1' . 6 . C2' . 6 . C3' . 6 . C4' parsed_6ez0 1
16 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65.0 105.0 . . 7 . C5' . 7 . C4' . 7 . C3' . 7 . O3' parsed_6ez0 1
17 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -45.0 -5.0 . . 7 . O4' . 7 . C1' . 7 . C2' . 7 . C3' parsed_6ez0 1
18 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17.3 57.3 . . 7 . C1' . 7 . C2' . 7 . C3' . 7 . C4' parsed_6ez0 1
19 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65.0 105.0 . . 8 . C5' . 8 . C4' . 8 . C3' . 8 . O3' parsed_6ez0 1
20 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -45.0 -5.0 . . 8 . O4' . 8 . C1' . 8 . C2' . 8 . C3' parsed_6ez0 1
21 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17.3 57.3 . . 8 . C1' . 8 . C2' . 8 . C3' . 8 . C4' parsed_6ez0 1
22 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65.0 105.0 . . 9 . C5' . 9 . C4' . 9 . C3' . 9 . O3' parsed_6ez0 1
23 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -45.0 -5.0 . . 9 . O4' . 9 . C1' . 9 . C2' . 9 . C3' parsed_6ez0 1
24 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17.3 57.3 . . 9 . C1' . 9 . C2' . 9 . C3' . 9 . C4' parsed_6ez0 1
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68 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -180.0 -140.0 . . 5 . O4' . 5 . C1' . 5 . N1 . 5 . C2 parsed_6ez0 1
69 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -180.0 -140.0 . . 6 . O4' . 6 . C1' . 6 . N9 . 6 . C4 parsed_6ez0 1
70 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -180.0 -140.0 . . 7 . O4' . 7 . C1' . 7 . N9 . 7 . C4 parsed_6ez0 1
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72 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -180.0 -140.0 . . 9 . O4' . 9 . C1' . 9 . N9 . 9 . C4 parsed_6ez0 1
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201 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 168.0 188.0 . . 27 . P . 27 . O5' . 27 . C5' . 27 . C4' parsed_6ez0 1
202 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44.0 64.0 . . 27 . O5' . 27 . C5' . 27 . C4' . 27 . C3' parsed_6ez0 1
stop_
loop_
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1 Nomenclature 2 1 2 1 parsed_6ez0 1
2 "ASSIgn atom-selection atom-selection atom-selection atom-selection real real real integer" 3 1 3 1 parsed_6ez0 1
3 "The first real number specifies the energy constant in kcal mole-1 rad-2," 4 1 4 1 parsed_6ez0 1
4 "the second real number specifies the angle in degrees to which the dihedral angle is restrained," 5 1 5 1 parsed_6ez0 1
5 "the third real number specifies the range around" 6 1 6 1 parsed_6ez0 1
6 "the restrained angle, and the integer number specifies the exponent." 7 1 7 1 parsed_6ez0 1
7 "sugar pucker constraints" 9 1 9 1 parsed_6ez0 1
8 "based on TOCSY EB_090806_3 @ 303K, mt=50ms, 700 MHz" 10 1 10 1 parsed_6ez0 1
9 "helical A-type RNA is usually 3'-endo, i.e. N-type" 12 1 12 1 parsed_6ez0 1
10 "Assumption: all sugarpuckers are constrained to N-type" 13 9 13 9 parsed_6ez0 1
11 "delta angle: S-type, 145.0; N-type, 85.0" 14 9 14 9 parsed_6ez0 1
12 "nu1 angle: S-type, 25.0; N-type, -25.0" 15 9 15 9 parsed_6ez0 1
13 "nu2 angle: S-type, -35.0; N-type, 37.3" 16 9 16 9 parsed_6ez0 1
14 "south: U13, A14, U21" 18 9 18 9 parsed_6ez0 1
15 "unrestrained: G1, G12, A16, U19, A20, C27" 19 9 19 9 parsed_6ez0 1
16 G2 23 1 23 1 parsed_6ez0 1
17 *delta* 27 60 27 60 parsed_6ez0 1
18 *nu1* 32 59 32 59 parsed_6ez0 1
19 *nu2* 37 59 37 59 parsed_6ez0 1
20 A3 40 1 40 1 parsed_6ez0 1
21 *delta* 44 59 44 59 parsed_6ez0 1
22 *nu1* 49 59 49 59 parsed_6ez0 1
23 *nu2* 54 59 54 59 parsed_6ez0 1
24 G4 57 1 57 1 parsed_6ez0 1
25 *delta* 61 59 61 59 parsed_6ez0 1
26 *nu1* 66 59 66 59 parsed_6ez0 1
27 *nu2* 71 59 71 59 parsed_6ez0 1
28 C5 74 1 74 1 parsed_6ez0 1
29 *delta* 78 58 78 58 parsed_6ez0 1
30 *nu1* 83 58 83 58 parsed_6ez0 1
31 *nu2* 88 58 88 58 parsed_6ez0 1
32 G6 91 1 91 1 parsed_6ez0 1
33 *delta* 95 58 95 58 parsed_6ez0 1
34 *nu1* 100 58 100 58 parsed_6ez0 1
35 *nu2* 105 58 105 58 parsed_6ez0 1
36 G7 108 1 108 1 parsed_6ez0 1
37 *delta* 112 58 112 58 parsed_6ez0 1
38 *nu1* 117 58 117 58 parsed_6ez0 1
39 *nu2* 122 58 122 58 parsed_6ez0 1
40 G8 125 1 125 1 parsed_6ez0 1
41 *delta* 129 58 129 58 parsed_6ez0 1
42 *nu1* 134 58 134 58 parsed_6ez0 1
43 *nu2* 139 58 139 58 parsed_6ez0 1
44 G9 142 1 142 1 parsed_6ez0 1
45 *delta* 146 58 146 58 parsed_6ez0 1
46 *nu1* 151 58 151 58 parsed_6ez0 1
47 *nu2* 156 58 156 58 parsed_6ez0 1
48 G10 159 1 159 1 parsed_6ez0 1
49 *delta* 163 58 163 58 parsed_6ez0 1
50 *nu1* 168 58 168 58 parsed_6ez0 1
51 *nu2* 173 58 173 58 parsed_6ez0 1
52 U11 176 1 176 1 parsed_6ez0 1
53 *delta* 180 58 180 58 parsed_6ez0 1
54 *nu1* 185 58 185 58 parsed_6ez0 1
55 *nu2* 190 58 190 58 parsed_6ez0 1
56 G12 193 1 193 1 parsed_6ez0 1
57
;
assign ( resi 12 and name C5' )
( resi 12 and name C4' )
( resi 12 and name C3' )
( resi 12 and name O3' ) 1.0 145.0 20.0 2 {*delta*}
assign ( resi 12 and name O4' )
( resi 12 and name C1' )
( resi 12 and name C2' )
( resi 12 and name C3' ) 1.0 25.0 20.0 2 {*nu1*}
assign ( resi 12 and name C1' )
( resi 12 and name C2' )
( resi 12 and name C3' )
( resi 12 and name C4' ) 1.0 -35.0 20.0 2 {*nu2*}
;
194 1 207 66 parsed_6ez0 1
58 U13 210 1 210 1 parsed_6ez0 1
59 *delta* 214 58 214 58 parsed_6ez0 1
60 *nu1* 219 58 219 58 parsed_6ez0 1
61 *nu2* 224 58 224 58 parsed_6ez0 1
62 A14 227 1 227 1 parsed_6ez0 1
63 *delta* 231 58 231 58 parsed_6ez0 1
64 *nu1* 236 58 236 58 parsed_6ez0 1
65 *nu2* 241 58 241 58 parsed_6ez0 1
66 A15 244 1 244 1 parsed_6ez0 1
67 *delta* 248 58 248 58 parsed_6ez0 1
68 *nu1* 253 58 253 58 parsed_6ez0 1
69 *nu2* 258 58 258 58 parsed_6ez0 1
70 A16 261 1 261 1 parsed_6ez0 1
71
;
assign ( resi 16 and name C5' )
( resi 16 and name C4' )
( resi 16 and name C3' )
( resi 16 and name O3' ) 1.0 85.0 20.0 2 {*delta*}
assign ( resi 16 and name O4' )
( resi 16 and name C1' )
( resi 16 and name C2' )
( resi 16 and name C3' ) 1.0 -25.0 20.0 2 {*nu1*}
assign ( resi 16 and name C1' )
( resi 16 and name C2' )
( resi 16 and name C3' )
( resi 16 and name C4' ) 1.0 37.3 20.0 2 {*nu2*}
;
262 1 275 66 parsed_6ez0 1
72 C17 278 1 278 1 parsed_6ez0 1
73 *delta* 282 58 282 58 parsed_6ez0 1
74 *nu1* 287 58 287 58 parsed_6ez0 1
75 *nu2* 292 58 292 58 parsed_6ez0 1
76 C18 295 1 295 1 parsed_6ez0 1
77 *delta* 299 58 299 58 parsed_6ez0 1
78 *nu1* 304 58 304 58 parsed_6ez0 1
79 *nu2* 309 58 309 58 parsed_6ez0 1
80 U21 312 1 312 1 parsed_6ez0 1
81 *delta* 316 58 316 58 parsed_6ez0 1
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84 C22 329 1 329 1 parsed_6ez0 1
85 *delta* 333 58 333 58 parsed_6ez0 1
86 *nu1* 338 58 338 58 parsed_6ez0 1
87 *nu2* 343 58 343 58 parsed_6ez0 1
88 G23 346 1 346 1 parsed_6ez0 1
89 *delta* 350 58 350 58 parsed_6ez0 1
90 *nu1* 355 58 355 58 parsed_6ez0 1
91 *nu2* 360 58 360 58 parsed_6ez0 1
92 C24 362 1 362 1 parsed_6ez0 1
93 *delta* 366 58 366 58 parsed_6ez0 1
94 *nu1* 371 58 371 58 parsed_6ez0 1
95 *nu2* 376 58 376 58 parsed_6ez0 1
96 U25 379 1 379 1 parsed_6ez0 1
97 *delta* 383 58 383 58 parsed_6ez0 1
98 *nu1* 388 58 388 58 parsed_6ez0 1
99 *nu2* 393 58 393 58 parsed_6ez0 1
100 C26 396 1 396 1 parsed_6ez0 1
101 *delta* 400 58 400 58 parsed_6ez0 1
102 *nu1* 405 58 405 58 parsed_6ez0 1
103 *nu2* 410 58 410 58 parsed_6ez0 1
104 "all chi angles were set to -160 (anti), A15 was set to 60 (syn)" 414 1 414 1 parsed_6ez0 1
105 "phosphate-sugar-backbone dihedral angle restraints" 553 1 553 1 parsed_6ez0 1
106 "* consecutive list of A-helical backbone angles*" 554 1 554 1 parsed_6ez0 1
107 "commented out: tetraloop (G12, U13, A14, A15) and bulge (U19, A20, U21)" 555 1 555 1 parsed_6ez0 1
108 G1 557 1 557 1 parsed_6ez0 1
109 *beta* 562 54 562 54 parsed_6ez0 1
110 *gamma* 567 54 567 54 parsed_6ez0 1
111 *epsilon* 572 55 572 55 parsed_6ez0 1
112 *zeta* 577 55 577 55 parsed_6ez0 1
113 G2 580 1 580 1 parsed_6ez0 1
114 *alpha* 584 55 584 55 parsed_6ez0 1
115 *beta* 589 54 589 54 parsed_6ez0 1
116 *gamma* 594 54 594 54 parsed_6ez0 1
117 *epsilon* 599 55 599 55 parsed_6ez0 1
118 *zeta* 604 55 604 55 parsed_6ez0 1
119 A3 607 1 607 1 parsed_6ez0 1
120 *alpha* 611 55 611 55 parsed_6ez0 1
121 *beta* 616 54 616 54 parsed_6ez0 1
122 *gamma* 621 54 621 54 parsed_6ez0 1
123 *epsilon* 626 55 626 55 parsed_6ez0 1
124 *zeta* 631 55 631 55 parsed_6ez0 1
125 G4 634 1 634 1 parsed_6ez0 1
126 *alpha* 638 55 638 55 parsed_6ez0 1
127 *beta* 643 54 643 54 parsed_6ez0 1
128 *gamma* 648 54 648 54 parsed_6ez0 1
129 *epsilon* 653 55 653 55 parsed_6ez0 1
130 *zeta* 658 55 658 55 parsed_6ez0 1
131 C5 661 1 661 1 parsed_6ez0 1
132 *alpha* 665 55 665 55 parsed_6ez0 1
133 *beta* 670 54 670 54 parsed_6ez0 1
134 *gamma* 675 54 675 54 parsed_6ez0 1
135 *epsilon* 680 55 680 55 parsed_6ez0 1
136 *zeta* 685 55 685 55 parsed_6ez0 1
137 G6 688 1 688 1 parsed_6ez0 1
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Contact the webmaster for help, if required. Saturday, May 18, 2024 7:41:02 AM GMT (wattos1)