NMR Restraints Grid
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NMR Restraints Grid |
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Result table
| image | mrblock_id | pdb_id | bmrb_id | cing | stage | program | type | subtype | item_count |
|
|
476730 |
2krz   |
16655 | cing | 2-parsed | STAR | entry | full | 437 |
data_2krz_MR_file_constraints
save_Conversion_project
_Study_list.Sf_category study_list
_Study_list.Entry_ID parsed_2krz
_Study_list.ID 1
loop_
_Study.ID
_Study.Name
_Study.Type
_Study.Details
_Study.Entry_ID
_Study.Study_list_ID
1 "Conversion project" NMR . parsed_2krz 1
stop_
save_
save_entry_information
_Entry.Sf_category entry_information
_Entry.ID parsed_2krz
_Entry.Title "Original constraint list(s)"
_Entry.Version_type original
_Entry.Submission_date .
_Entry.Accession_date .
_Entry.Last_release_date .
_Entry.Original_release_date .
_Entry.Origination .
_Entry.NMR_STAR_version 3.1
_Entry.Original_NMR_STAR_version .
_Entry.Experimental_method NMR
_Entry.Experimental_method_subtype .
loop_
_Related_entries.Database_name
_Related_entries.Database_accession_code
_Related_entries.Relationship
_Related_entries.Entry_ID
PDB 2krz "Master copy" parsed_2krz
stop_
save_
save_global_Org_file_characteristics
_Constraint_stat_list.Sf_category constraint_statistics
_Constraint_stat_list.Entry_ID parsed_2krz
_Constraint_stat_list.ID 1
loop_
_Constraint_file.ID
_Constraint_file.Constraint_filename
_Constraint_file.Software_ID
_Constraint_file.Software_label
_Constraint_file.Software_name
_Constraint_file.Block_ID
_Constraint_file.Constraint_type
_Constraint_file.Constraint_subtype
_Constraint_file.Constraint_subsubtype
_Constraint_file.Constraint_number
_Constraint_file.Entry_ID
_Constraint_file.Constraint_stat_list_ID
1 2krz.mr . . "MR format" 1 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_2krz 1
1 2krz.mr . . XPLOR/CNS 2 distance NOE simple 314 parsed_2krz 1
1 2krz.mr . . XPLOR/CNS 3 distance "hydrogen bond" simple 24 parsed_2krz 1
1 2krz.mr . . XPLOR/CNS 4 "dihedral angle" "Not applicable" "Not applicable" 99 parsed_2krz 1
1 2krz.mr . . "MR format" 5 "nomenclature mapping" "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_2krz 1
stop_
save_
save_MR_file_comment_1
_Org_constr_file_comment.Sf_category org_constr_file_comment
_Org_constr_file_comment.Entry_ID parsed_2krz
_Org_constr_file_comment.ID 1
_Org_constr_file_comment.Constraint_file_ID 1
_Org_constr_file_comment.Block_ID 1
_Org_constr_file_comment.Details "Generated by Wattos"
_Org_constr_file_comment.Comment
;
*HEADER RNA 23-DEC-09 2KRZ
*TITLE SOLUTION STRUCTURE OF THE HUMAN MITOCHONDRIAL TRNAMET
*COMPND MOL_ID: 1;
*COMPND 2 MOLECULE: RNA (5'-R(*(PSU)
*COMPND 3 P*CP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*AP*UP*AP*CP*CP*CP*CP*GP*A)-3');
*COMPND 4 CHAIN: A;
*COMPND 5 ENGINEERED: YES
*SOURCE MOL_ID: 1;
*SOURCE 2 SYNTHETIC: YES
*KEYWDS RNA, TRNA, METHIONINE, ASL, MODIFICATION
*EXPDTA SOLUTION NMR
*NUMMDL 10
*AUTHOR Y.BILBILLE, P.F.AGRIS
*REVDAT 1 18-AUG-10 2KRZ 0
;
save_
save_CNS/XPLOR_distance_constraints_2
_Distance_constraint_list.Sf_category distance_constraints
_Distance_constraint_list.Entry_ID parsed_2krz
_Distance_constraint_list.ID 1
_Distance_constraint_list.Constraint_type NOE
_Distance_constraint_list.Constraint_file_ID 1
_Distance_constraint_list.Block_ID 2
_Distance_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
loop_
_Dist_constraint_tree.Constraint_ID
_Dist_constraint_tree.Node_ID
_Dist_constraint_tree.Down_node_ID
_Dist_constraint_tree.Right_node_ID
_Dist_constraint_tree.Logic_operation
_Dist_constraint_tree.Entry_ID
_Dist_constraint_tree.Distance_constraint_list_ID
1 1 . . . parsed_2krz 1
2 1 . . . parsed_2krz 1
3 1 . . . parsed_2krz 1
4 1 . . . parsed_2krz 1
5 1 . . . parsed_2krz 1
6 1 . . . parsed_2krz 1
7 1 . . . parsed_2krz 1
8 1 . . . parsed_2krz 1
9 1 . . . parsed_2krz 1
10 1 . . . parsed_2krz 1
11 1 . . . parsed_2krz 1
12 1 . . . parsed_2krz 1
13 1 . . . parsed_2krz 1
14 1 . . . parsed_2krz 1
15 1 . . . parsed_2krz 1
16 1 . . . parsed_2krz 1
17 1 . . . parsed_2krz 1
18 1 . . . parsed_2krz 1
19 1 . . . parsed_2krz 1
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22 1 . . . parsed_2krz 1
23 1 . . . parsed_2krz 1
24 1 . . . parsed_2krz 1
25 1 . . . parsed_2krz 1
26 1 . . . parsed_2krz 1
27 1 . . . parsed_2krz 1
28 1 . . . parsed_2krz 1
29 1 . . . parsed_2krz 1
30 1 . . . parsed_2krz 1
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32 1 . . . parsed_2krz 1
33 1 . . . parsed_2krz 1
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36 1 . . . parsed_2krz 1
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38 1 . . . parsed_2krz 1
39 1 . . . parsed_2krz 1
40 1 . . . parsed_2krz 1
41 1 . . . parsed_2krz 1
42 1 . . . parsed_2krz 1
43 1 . . . parsed_2krz 1
44 1 . . . parsed_2krz 1
45 1 . . . parsed_2krz 1
46 1 . . . parsed_2krz 1
47 1 . . . parsed_2krz 1
48 1 . . . parsed_2krz 1
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50 1 . . . parsed_2krz 1
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53 1 . . . parsed_2krz 1
54 1 . . . parsed_2krz 1
55 1 . . . parsed_2krz 1
56 1 . . . parsed_2krz 1
57 1 . . . parsed_2krz 1
58 1 . . . parsed_2krz 1
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60 1 . . . parsed_2krz 1
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65 1 . . . parsed_2krz 1
66 1 . . . parsed_2krz 1
67 1 . . . parsed_2krz 1
68 1 . . . parsed_2krz 1
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109 1 . . . parsed_2krz 1
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111 1 . . . parsed_2krz 1
112 1 . . . parsed_2krz 1
113 1 . . . parsed_2krz 1
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115 1 . . . parsed_2krz 1
116 1 . . . parsed_2krz 1
117 1 . . . parsed_2krz 1
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119 1 . . . parsed_2krz 1
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127 1 . . . parsed_2krz 1
128 1 . . . parsed_2krz 1
129 1 . . . parsed_2krz 1
130 1 . . . parsed_2krz 1
131 1 . . . parsed_2krz 1
132 1 . . . parsed_2krz 1
133 1 . . . parsed_2krz 1
134 1 . . . parsed_2krz 1
135 1 . . . parsed_2krz 1
136 1 . . . parsed_2krz 1
137 1 . . . parsed_2krz 1
138 1 . . . parsed_2krz 1
139 1 . . . parsed_2krz 1
140 1 . . . parsed_2krz 1
141 1 . . . parsed_2krz 1
142 1 . . . parsed_2krz 1
143 1 . . . parsed_2krz 1
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145 1 . . . parsed_2krz 1
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176 1 . . . parsed_2krz 1
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304 1 . . . parsed_2krz 1
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stop_
loop_
_Dist_constraint.Tree_node_member_constraint_ID
_Dist_constraint.Tree_node_member_node_ID
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3 1 2 . . . . . . . . . 1 . H5' parsed_2krz 1
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8 1 2 . . . . . . . . . 1 . H5'' parsed_2krz 1
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11 1 2 . . . . . . . . . 1 . H1' parsed_2krz 1
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stop_
loop_
_Dist_constraint_comment_org.ID
_Dist_constraint_comment_org.Comment_text
_Dist_constraint_comment_org.Comment_begin_line
_Dist_constraint_comment_org.Comment_begin_column
_Dist_constraint_comment_org.Comment_end_line
_Dist_constraint_comment_org.Comment_end_column
_Dist_constraint_comment_org.Entry_ID
_Dist_constraint_comment_org.Distance_constraint_list_ID
1
;
MET-PSI27
NOESY 80, 200 and 400ms D2O
s: 3 1.2 0 (strong in 80ms)
ms: 4 2 0 (medium in 80ms and strong in 200ms)
m: 5 3 0 (weak 80ms and medium to strong in 200ms)
w: 5 2 0 (weak on the 200ms)
vw: 6 3 0 (only observable at 400ms)
P27
intra
;
1 1 9 7 parsed_2krz 1
2 inter 23 1 23 7 parsed_2krz 1
3
;
add 092109
C28
intra
;
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4 inter 45 1 45 7 parsed_2krz 1
5
;
add 092109
G29
intra
;
52 63 54 7 parsed_2krz 1
6 "#inter" 62 1 62 8 parsed_2krz 1
7
;
G30
intra
;
67 1 68 7 parsed_2krz 1
8 inter 79 1 79 7 parsed_2krz 1
9
;
add 092109
G31
intra
;
84 63 86 7 parsed_2krz 1
10 inter 96 1 96 7 parsed_2krz 1
11
;
add 092109
C32 - C6
intra
;
105 63 107 7 parsed_2krz 1
12 "assign (residue 6 and name H5') (residue 6 and name H6) 6 3 0" 115 1 115 65 parsed_2krz 1
13
;
assign (residue 6 and name H6) (residue 6 and name H5'') 6 3 0
inter
;
119 1 120 7 parsed_2krz 1
14
;
assign (residue 7 and name H6) (residue 6 and name H5) 5 2 0
C33 - C7
intra
;
131 1 133 7 parsed_2krz 1
15 inter 139 1 139 7 parsed_2krz 1
16
;
C34 - C8
intra
;
143 1 144 7 parsed_2krz 1
17 "exclude distance <2A" 155 63 155 84 parsed_2krz 1
18
;
exclude distance <2A
inter
;
156 64 157 7 parsed_2krz 1
19 "add 092109" 163 63 163 74 parsed_2krz 1
20
;
A35 - A9
intra
;
166 1 167 7 parsed_2krz 1
21 inter 180 1 180 7 parsed_2krz 1
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23 "n -> n+2 NOE" 184 63 184 76 parsed_2krz 1
24
;
n -> n+2 NOE
U36 - U10
intra
;
185 63 187 7 parsed_2krz 1
25 inter 199 1 199 7 parsed_2krz 1
26
;
A37 - A11
intra
;
203 1 204 7 parsed_2krz 1
27 inter 214 1 214 7 parsed_2krz 1
28
;
add 092209
C38 - C12
intra
;
223 64 225 7 parsed_2krz 1
29
;
assign (residue 12 and name H5') (residue 12 and name H6) 6 3 0
assign (residue 12 and name H5'') (residue 12 and name H6) 6 3 0
;
233 1 234 66 parsed_2krz 1
30 inter 237 1 237 7 parsed_2krz 1
31
;
add 092109
C39
intra
;
248 65 250 7 parsed_2krz 1
32 inter 259 1 259 7 parsed_2krz 1
33
;
C40
intra
;
268 1 269 7 parsed_2krz 1
34 inter 278 1 278 7 parsed_2krz 1
35
;
add 092109
C41
intra
;
287 65 289 7 parsed_2krz 1
36 inter 300 1 300 7 parsed_2krz 1
37 "add 092109" 306 65 306 76 parsed_2krz 1
38
;
add 092109
G42
intra
;
307 65 309 7 parsed_2krz 1
39 inter 318 1 318 7 parsed_2krz 1
40
;
add 092109
A43
intra
;
325 65 327 7 parsed_2krz 1
41 inter 337 1 337 7 parsed_2krz 1
42 "exchangeable protons ! 13" 339 1 339 27 parsed_2krz 1
43 "P27-C28 and P27-G43 exchangeable observed NOE=> 250ms" 350 1 350 56 parsed_2krz 1
44
;
UNOES: distance non observable on the 400ms NOESY
A35 - U36
;
354 1 355 12 parsed_2krz 1
stop_
save_
save_CNS/XPLOR_distance_constraints_3
_Distance_constraint_list.Sf_category distance_constraints
_Distance_constraint_list.Entry_ID parsed_2krz
_Distance_constraint_list.ID 2
_Distance_constraint_list.Constraint_type "hydrogen bond"
_Distance_constraint_list.Constraint_file_ID 1
_Distance_constraint_list.Block_ID 3
_Distance_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
loop_
_Dist_constraint_tree.Constraint_ID
_Dist_constraint_tree.Node_ID
_Dist_constraint_tree.Down_node_ID
_Dist_constraint_tree.Right_node_ID
_Dist_constraint_tree.Logic_operation
_Dist_constraint_tree.Entry_ID
_Dist_constraint_tree.Distance_constraint_list_ID
1 1 . . . parsed_2krz 2
2 1 . . . parsed_2krz 2
3 1 . . . parsed_2krz 2
4 1 . . . parsed_2krz 2
5 1 . . . parsed_2krz 2
6 1 . . . parsed_2krz 2
7 1 . . . parsed_2krz 2
8 1 . . . parsed_2krz 2
9 1 . . . parsed_2krz 2
10 1 . . . parsed_2krz 2
11 1 . . . parsed_2krz 2
12 1 . . . parsed_2krz 2
13 1 . . . parsed_2krz 2
14 1 . . . parsed_2krz 2
15 1 . . . parsed_2krz 2
16 1 . . . parsed_2krz 2
17 1 . . . parsed_2krz 2
18 1 . . . parsed_2krz 2
19 1 . . . parsed_2krz 2
20 1 . . . parsed_2krz 2
21 1 . . . parsed_2krz 2
22 1 . . . parsed_2krz 2
23 1 . . . parsed_2krz 2
24 1 . . . parsed_2krz 2
stop_
loop_
_Dist_constraint.Tree_node_member_constraint_ID
_Dist_constraint.Tree_node_member_node_ID
_Dist_constraint.Constraint_tree_node_member_ID
_Dist_constraint.Assembly_atom_ID
_Dist_constraint.Entity_assembly_ID
_Dist_constraint.Entity_ID
_Dist_constraint.Comp_index_ID
_Dist_constraint.Seq_ID
_Dist_constraint.Comp_ID
_Dist_constraint.Atom_ID
_Dist_constraint.Resonance_ID
_Dist_constraint.Auth_asym_ID
_Dist_constraint.Auth_seq_ID
_Dist_constraint.Auth_comp_ID
_Dist_constraint.Auth_atom_ID
_Dist_constraint.Entry_ID
_Dist_constraint.Distance_constraint_list_ID
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2 1 2 . . . . . . . . A 2 . N3 parsed_2krz 2
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3 1 2 . . . . . . . . A 2 . O2 parsed_2krz 2
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4 1 2 . . . . . . . . A 2 . O2 parsed_2krz 2
5 1 1 . . . . . . . . A 16 . O6 parsed_2krz 2
5 1 2 . . . . . . . . A 2 . H42 parsed_2krz 2
6 1 1 . . . . . . . . A 16 . O6 parsed_2krz 2
6 1 2 . . . . . . . . A 2 . N4 parsed_2krz 2
7 1 1 . . . . . . . . A 3 . H1 parsed_2krz 2
7 1 2 . . . . . . . . A 15 . N3 parsed_2krz 2
8 1 1 . . . . . . . . A 3 . N1 parsed_2krz 2
8 1 2 . . . . . . . . A 15 . N3 parsed_2krz 2
9 1 1 . . . . . . . . A 3 . H22 parsed_2krz 2
9 1 2 . . . . . . . . A 15 . O2 parsed_2krz 2
10 1 1 . . . . . . . . A 3 . N2 parsed_2krz 2
10 1 2 . . . . . . . . A 15 . O2 parsed_2krz 2
11 1 1 . . . . . . . . A 3 . O6 parsed_2krz 2
11 1 2 . . . . . . . . A 15 . H42 parsed_2krz 2
12 1 1 . . . . . . . . A 3 . O6 parsed_2krz 2
12 1 2 . . . . . . . . A 15 . N4 parsed_2krz 2
13 1 1 . . . . . . . . A 4 . H1 parsed_2krz 2
13 1 2 . . . . . . . . A 14 . N3 parsed_2krz 2
14 1 1 . . . . . . . . A 4 . N1 parsed_2krz 2
14 1 2 . . . . . . . . A 14 . N3 parsed_2krz 2
15 1 1 . . . . . . . . A 4 . H22 parsed_2krz 2
15 1 2 . . . . . . . . A 14 . O2 parsed_2krz 2
16 1 1 . . . . . . . . A 4 . N2 parsed_2krz 2
16 1 2 . . . . . . . . A 14 . O2 parsed_2krz 2
17 1 1 . . . . . . . . A 4 . O6 parsed_2krz 2
17 1 2 . . . . . . . . A 14 . H42 parsed_2krz 2
18 1 1 . . . . . . . . A 4 . O6 parsed_2krz 2
18 1 2 . . . . . . . . A 14 . N4 parsed_2krz 2
19 1 1 . . . . . . . . A 5 . H1 parsed_2krz 2
19 1 2 . . . . . . . . A 13 . N3 parsed_2krz 2
20 1 1 . . . . . . . . A 5 . N1 parsed_2krz 2
20 1 2 . . . . . . . . A 13 . N3 parsed_2krz 2
21 1 1 . . . . . . . . A 5 . H22 parsed_2krz 2
21 1 2 . . . . . . . . A 13 . O2 parsed_2krz 2
22 1 1 . . . . . . . . A 5 . N2 parsed_2krz 2
22 1 2 . . . . . . . . A 13 . O2 parsed_2krz 2
23 1 1 . . . . . . . . A 5 . O6 parsed_2krz 2
23 1 2 . . . . . . . . A 13 . H42 parsed_2krz 2
24 1 1 . . . . . . . . A 5 . O6 parsed_2krz 2
24 1 2 . . . . . . . . A 13 . N4 parsed_2krz 2
stop_
loop_
_Dist_constraint_value.Constraint_ID
_Dist_constraint_value.Tree_node_ID
_Dist_constraint_value.Source_experiment_ID
_Dist_constraint_value.Spectral_peak_ID
_Dist_constraint_value.Intensity_val
_Dist_constraint_value.Intensity_lower_val_err
_Dist_constraint_value.Intensity_upper_val_err
_Dist_constraint_value.Distance_val
_Dist_constraint_value.Distance_lower_bound_val
_Dist_constraint_value.Distance_upper_bound_val
_Dist_constraint_value.Entry_ID
_Dist_constraint_value.Distance_constraint_list_ID
1 1 . . . . . 1.85 1.65 2.05 parsed_2krz 2
2 1 . . . . . 2.91 2.66 3.16 parsed_2krz 2
3 1 . . . . . 1.98 1.78 2.18 parsed_2krz 2
4 1 . . . . . 2.90 2.65 3.15 parsed_2krz 2
5 1 . . . . . 1.67 1.47 1.87 parsed_2krz 2
6 1 . . . . . 2.90 2.65 3.15 parsed_2krz 2
7 1 . . . . . 1.85 1.65 2.05 parsed_2krz 2
8 1 . . . . . 2.91 2.66 3.16 parsed_2krz 2
9 1 . . . . . 1.98 1.78 2.18 parsed_2krz 2
10 1 . . . . . 2.90 2.65 3.15 parsed_2krz 2
11 1 . . . . . 1.67 1.47 1.87 parsed_2krz 2
12 1 . . . . . 2.90 2.65 3.15 parsed_2krz 2
13 1 . . . . . 1.85 1.65 2.05 parsed_2krz 2
14 1 . . . . . 2.91 2.66 3.16 parsed_2krz 2
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80 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -178 -138 . A 14 . O4' A 14 . C1' A 14 . N1 A 14 . C2 parsed_2krz 1
81 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -178 -138 . A 15 . O4' A 15 . C1' A 15 . N1 A 15 . C2 parsed_2krz 1
82 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -178 -138 . A 16 . O4' A 16 . C1' A 16 . N9 A 16 . C4 parsed_2krz 1
83 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -178 -138 . A 17 . O4' A 17 . C1' A 17 . N9 A 17 . C4 parsed_2krz 1
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stop_
loop_
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_TA_constraint_comment_org.Torsion_angle_constraint_list_ID
1 "alpha o3'-p-o5'-c5' -> 31P all phosphat together, no important downfield" 1 1 1 74 parsed_2krz 1
2 "ZETA C3'-O3'-P-O5' 31P all together +- 0.7ppm" 30 1 30 47 parsed_2krz 1
3
;
beta P-O5'-C5'-C4' stem standard A-form, no restraints for loop (see cosy for restraints: small 3JH4'-H5' and 3JH4'-H5'' -> gauche+),
important 3JH4'-H5' and 3JH4'-H5'' => trans or gauche (-))
;
59 1 60 61 parsed_2krz 1
4 "gamma O5'-C5'-C4'-C3' (gauche (+) 60+-30) stem A-form (31P heterotocsy -> 4JPH4' coupling)" 83 1 83 92 parsed_2krz 1
5 "DELTA SUGAR PUCKER C5'-C4'-C3'-O3' 85+-15 c3'-endo; 160+-30 c2'-endo cosy 3JH1'-H2'" 108 1 108 85 parsed_2krz 1
6
;
sugar pucker G36 U33, G43 => unrestrained
CHI PURINE O4'-C1'-N9-C4 -158 Chi angle for C2'-endo residue -130+-40 (C35, U34 and A37)
PYRIMIDINE O4'-C1'-N1-C2 based on intra-noe H8/H6-H1'
;
142 1 144 56 parsed_2krz 1
7 "EPSILON C4'-C3'-O3'-P stem A form -153; loop residues constraint to avoid gauche+ conformation (steric clashes)" 177 1 177 114 parsed_2krz 1
stop_
save_
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