NMR Restraints Grid
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NMR Restraints Grid |
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Result table
| image | mrblock_id | pdb_id | bmrb_id | cing | stage | program | type | subtype | item_count |
|
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42005 |
1xsb   |
6330 | cing | 2-parsed | STAR | entry | full | 2279 |
data_1xsb_MR_file_constraints
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_Study_list.Sf_category study_list
_Study_list.Entry_ID parsed_1xsb
_Study_list.ID 1
loop_
_Study.ID
_Study.Name
_Study.Type
_Study.Details
_Study.Entry_ID
_Study.Study_list_ID
1 "Conversion project" NMR . parsed_1xsb 1
stop_
save_
save_entry_information
_Entry.Sf_category entry_information
_Entry.ID parsed_1xsb
_Entry.Title "Original constraint list(s)"
_Entry.Version_type original
_Entry.Submission_date .
_Entry.Accession_date .
_Entry.Last_release_date .
_Entry.Original_release_date .
_Entry.Origination .
_Entry.NMR_STAR_version 3.1
_Entry.Original_NMR_STAR_version .
_Entry.Experimental_method NMR
_Entry.Experimental_method_subtype .
loop_
_Related_entries.Database_name
_Related_entries.Database_accession_code
_Related_entries.Relationship
_Related_entries.Entry_ID
PDB 1xsb "Master copy" parsed_1xsb
stop_
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save_global_Org_file_characteristics
_Constraint_stat_list.Sf_category constraint_statistics
_Constraint_stat_list.Entry_ID parsed_1xsb
_Constraint_stat_list.ID 1
loop_
_Constraint_file.ID
_Constraint_file.Constraint_filename
_Constraint_file.Software_ID
_Constraint_file.Software_label
_Constraint_file.Software_name
_Constraint_file.Block_ID
_Constraint_file.Constraint_type
_Constraint_file.Constraint_subtype
_Constraint_file.Constraint_subsubtype
_Constraint_file.Constraint_number
_Constraint_file.Entry_ID
_Constraint_file.Constraint_stat_list_ID
1 1xsb.mr . . "MR format" 1 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_1xsb 1
1 1xsb.mr . . XPLOR/CNS 2 distance NOE simple 2062 parsed_1xsb 1
1 1xsb.mr . . XPLOR/CNS 3 "dihedral angle" "Not applicable" "Not applicable" 217 parsed_1xsb 1
1 1xsb.mr . . XPLOR/CNS 4 "chemical shift" "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_1xsb 1
1 1xsb.mr . . "MR format" 5 "nomenclature mapping" "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_1xsb 1
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save_MR_file_comment_1
_Org_constr_file_comment.Sf_category org_constr_file_comment
_Org_constr_file_comment.Entry_ID parsed_1xsb
_Org_constr_file_comment.ID 1
_Org_constr_file_comment.Constraint_file_ID 1
_Org_constr_file_comment.Block_ID 1
_Org_constr_file_comment.Details "Generated by Wattos"
_Org_constr_file_comment.Comment
;
*HEADER HYDROLASE 18-OCT-04 1XSB
*TITLE STRUCTURE OF THE NUDIX ENZYME AP4A HYDROLASE FROM HOMO
*TITLE 2 SAPIENS (E63A MUTANT) IN COMPLEX WITH ATP. NO ATP
*TITLE 3 RESTRAINTS INCLUDED
*COMPND MOL_ID: 1;
*COMPND 2 MOLECULE: BIS(5'-NUCLEOSYL)-TETRAPHOSPHATASE;
*COMPND 3 CHAIN: A;
*COMPND 4 SYNONYM: DIADENOSINE 5',5'''-P1,P4-TETRAPHOSPHATE
*COMPND 5 ASYMMETRICAL HYDROLASE, DIADENOSINE TETRAPHOSPHATASE, AP4A
*COMPND 6 HYDROLASE, AP4AASE;
*COMPND 7 EC: 3.6.1.17;
*COMPND 8 ENGINEERED: YES;
*COMPND 9 MUTATION: YES
*SOURCE MOL_ID: 1;
*SOURCE 2 ORGANISM_SCIENTIFIC: HOMO SAPIENS;
*SOURCE 3 ORGANISM_COMMON: HUMAN;
*SOURCE 4 EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI;
*SOURCE 5 EXPRESSION_SYSTEM_COMMON: BACTERIA;
*SOURCE 6 EXPRESSION_SYSTEM_STRAIN: BL21;
*SOURCE 7 EXPRESSION_SYSTEM_VECTOR_TYPE: PLASMID;
*SOURCE 8 EXPRESSION_SYSTEM_PLASMID: PGEX-6-P3
*KEYWDS NUDIX ENZYME, HUMAN AP4A HYDROLASE, NMR, ALPHA-BETA
*EXPDTA NMR, 39 STRUCTURES
*AUTHOR J.D.SWARBRICK, S.BUYYA, D.GUNAWARDANA, K.R.GAYLER,
*AUTHOR 2 A.G.MCLENNAN, P.R.GOOLEY
*REVDAT 2 22-MAR-05 1XSB 1 JRNL AUTHOR
*REVDAT 1 21-DEC-04 1XSB 0
;
save_
save_CNS/XPLOR_distance_constraints_2
_Distance_constraint_list.Sf_category distance_constraints
_Distance_constraint_list.Entry_ID parsed_1xsb
_Distance_constraint_list.ID 1
_Distance_constraint_list.Constraint_type NOE
_Distance_constraint_list.Constraint_file_ID 1
_Distance_constraint_list.Block_ID 2
_Distance_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
loop_
_Dist_constraint_tree.Constraint_ID
_Dist_constraint_tree.Node_ID
_Dist_constraint_tree.Down_node_ID
_Dist_constraint_tree.Right_node_ID
_Dist_constraint_tree.Logic_operation
_Dist_constraint_tree.Entry_ID
_Dist_constraint_tree.Distance_constraint_list_ID
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43
;
! SOME INTRAS
Aromatic Intra NOEs from CANDID checked with structure using Inter only
;
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45
;
from molmol after using the RAMA potential only in helices straight and predictable!
distances from fbpKH2 from xporNIH example
;
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stop_
save_
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206 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -87.0 -39.0 . . 105 . C . 106 . N . 106 . CA . 106 . C parsed_1xsb 1
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208 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -124.0 -84.0 . . 106 . C . 107 . N . 107 . CA . 107 . C parsed_1xsb 1
209 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -17.0 39.0 . . 107 . N . 107 . CA . 107 . C . 108 . N parsed_1xsb 1
210 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -185.0 -17.0 . . 111 . C . 112 . N . 112 . CA . 112 . C parsed_1xsb 1
211 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90.0 206.0 . . 112 . N . 112 . CA . 112 . C . 113 . N parsed_1xsb 1
212 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -121.0 -45.0 . . 113 . C . 114 . N . 114 . CA . 114 . C parsed_1xsb 1
213 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -66.0 30.0 . . 114 . N . 114 . CA . 114 . C . 115 . N parsed_1xsb 1
214 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -184.0 -60.0 . . 115 . C . 116 . N . 116 . CA . 116 . C parsed_1xsb 1
215 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103.0 187.0 . . 116 . N . 116 . CA . 116 . C . 117 . N parsed_1xsb 1
216 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -123.0 -43.0 . . 148 . C . 149 . N . 149 . CA . 149 . C parsed_1xsb 1
217 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -58.0 18.0 . . 149 . N . 149 . CA . 149 . C . 150 . N parsed_1xsb 1
stop_
loop_
_TA_constraint_comment_org.ID
_TA_constraint_comment_org.Comment_text
_TA_constraint_comment_org.Comment_begin_line
_TA_constraint_comment_org.Comment_begin_column
_TA_constraint_comment_org.Comment_end_line
_TA_constraint_comment_org.Comment_end_column
_TA_constraint_comment_org.Entry_ID
_TA_constraint_comment_org.Torsion_angle_constraint_list_ID
1
;
! TALOS
!!##Warn Predictions i.e. from structure Xplornih with RAMA
! based on the corrected shifts i.e. the Ala were wrong before
! > 2*S.D. and at least +/-15deg
!Goods
;
1 1 5 8 parsed_1xsb 1
2 "was 12.0" 16 94 16 103 parsed_1xsb 1
3 new 21 1 21 5 parsed_1xsb 1
4 new 25 1 25 5 parsed_1xsb 1
5
;
new DONT put in scattered Phi/Psi in structure
assign (resid 26 and name C) (resid 27 and name N)
(resid 27 and name CA) (resid 27 and name C) 1.0 -85.0 36.0 2
new
assign (resid 27 and name N) (resid 27 and name CA)
(resid 27 and name C) (resid 28 and name N) 1.0 141.0 30.0 2
;
56 1 62 93 parsed_1xsb 1
6 new 106 1 106 5 parsed_1xsb 1
7 new 110 1 110 5 parsed_1xsb 1
8 "was 14" 121 93 121 101 parsed_1xsb 1
9 "was 10" 127 94 127 102 parsed_1xsb 1
10 "was 12" 130 95 130 102 parsed_1xsb 1
11 "was 12" 136 94 136 101 parsed_1xsb 1
12 "was 10" 139 94 139 102 parsed_1xsb 1
13 "was 14" 151 94 151 101 parsed_1xsb 1
14 "was 10" 154 94 154 101 parsed_1xsb 1
15 "was 12" 157 94 157 102 parsed_1xsb 1
16 "was 12" 160 95 160 103 parsed_1xsb 1
17 "was 10" 169 95 169 103 parsed_1xsb 1
18 "was 14" 175 94 175 101 parsed_1xsb 1
19 "was 14" 181 96 181 103 parsed_1xsb 1
20 "different to previous was 1.0 28" 189 1 189 34 parsed_1xsb 1
21 new 193 1 193 5 parsed_1xsb 1
22 new 197 1 197 5 parsed_1xsb 1
23 "no 77" 201 1 201 7 parsed_1xsb 1
24 "no 90" 227 1 227 7 parsed_1xsb 1
25
;
no 95
new
;
234 1 237 5 parsed_1xsb 1
26 new 241 1 241 5 parsed_1xsb 1
27 new 281 1 281 5 parsed_1xsb 1
28 new 284 1 284 5 parsed_1xsb 1
29 new 288 1 288 5 parsed_1xsb 1
30 new 291 1 291 5 parsed_1xsb 1
31 new 294 1 294 5 parsed_1xsb 1
32 new 297 1 297 5 parsed_1xsb 1
33 new 300 1 300 5 parsed_1xsb 1
34 new 303 1 303 5 parsed_1xsb 1
35 "was 14" 332 94 332 101 parsed_1xsb 1
36 "was 10" 338 95 338 102 parsed_1xsb 1
37 "was 10" 341 95 341 102 parsed_1xsb 1
38 "was 8" 344 94 344 101 parsed_1xsb 1
39 "was 10" 350 95 350 103 parsed_1xsb 1
40 "was 12" 353 93 353 100 parsed_1xsb 1
41 "was 12" 356 93 356 100 parsed_1xsb 1
42 "was 12" 368 93 368 101 parsed_1xsb 1
43 new 372 1 372 5 parsed_1xsb 1
44
;
was 12
!!new only 6/32 are in this region so remove til later
assign (resid 131 and name N) (resid 131 and name CA)
(resid 131 and name C) (resid 132 and name N) 1.0 -38.0 15.0 2 ! was 10
different was -32 32.0
;
374 93 379 24 parsed_1xsb 1
45 "was 14" 381 94 381 101 parsed_1xsb 1
46 "was 12" 384 93 384 100 parsed_1xsb 1
47
;
was 8
Not in talos2.tbl and would violate=> remove
assign (resid 133 and name N) (resid 133 and name CA)
(resid 133 and name C) (resid 134 and name N) 1.0 -39.0 26.0 2
;
387 93 391 93 parsed_1xsb 1
48 "was 10" 397 93 397 101 parsed_1xsb 1
49 "was 8" 406 94 406 100 parsed_1xsb 1
50 "was 10" 412 93 412 100 parsed_1xsb 1
51 "was 12" 418 93 418 100 parsed_1xsb 1
52 "was 12" 424 94 424 101 parsed_1xsb 1
53 "was 14" 430 93 430 100 parsed_1xsb 1
54 "was 10" 436 93 436 101 parsed_1xsb 1
55 "was 14" 439 93 439 100 parsed_1xsb 1
56 "was 14" 442 93 442 100 parsed_1xsb 1
57 "was 8" 448 94 448 101 parsed_1xsb 1
58 "was 14" 451 94 451 101 parsed_1xsb 1
59 "was 10" 454 94 454 101 parsed_1xsb 1
60 "was 8" 460 94 460 100 parsed_1xsb 1
61 "was 12" 463 94 463 101 parsed_1xsb 1
62 "was 12" 466 93 466 100 parsed_1xsb 1
63 "was 12" 469 93 469 100 parsed_1xsb 1
64 "was 14" 472 93 472 100 parsed_1xsb 1
65
;
new REMOVE THE Phi/Psi are all over the place Disordered
assign (resid 151 and name C) (resid 152 and name N)
(resid 152 and name CA) (resid 152 and name C) 1.0 -88.8 36.1 2
new
assign (resid 152 and name N) (resid 152 and name CA)
(resid 152 and name C) (resid 153 and name N) 1.0 120.1 26.0 2
!!Warns i.e. with Pdb from Xplor Run
remove tail residue stupid to put this in
assign (resid 2 and name N) (resid 2 and name CA)
(resid 2 and name C) (resid 3 and name N) 1.0 139.0 22.0 2
;
483 1 492 93 parsed_1xsb 1
66 new 508 1 508 5 parsed_1xsb 1
67 new 511 1 511 5 parsed_1xsb 1
68 new 514 1 514 5 parsed_1xsb 1
69 new 517 1 517 5 parsed_1xsb 1
70 new 530 1 530 5 parsed_1xsb 1
71 new 533 1 533 5 parsed_1xsb 1
72 "NO 44" 542 1 542 7 parsed_1xsb 1
73 new 564 1 564 5 parsed_1xsb 1
74 new 567 1 567 5 parsed_1xsb 1
75 "no 76" 576 1 576 7 parsed_1xsb 1
76 "was 129 16.0" 615 1 615 14 parsed_1xsb 1
77 new 619 1 619 5 parsed_1xsb 1
78 new 622 1 622 5 parsed_1xsb 1
79
;
new PROLINE REMOVE
assign (resid 93 and name N) (resid 93 and name CA)
(resid 93 and name C) (resid 94 and name N) 1.0 128.0 40.0 2
new
;
632 1 635 5 parsed_1xsb 1
80 new 638 1 638 5 parsed_1xsb 1
81 "was 14" 655 93 655 100 parsed_1xsb 1
82 "was 8" 676 94 676 100 parsed_1xsb 1
83 new 689 1 689 5 parsed_1xsb 1
84 new 692 1 692 5 parsed_1xsb 1
85 new 695 1 695 5 parsed_1xsb 1
86 new 698 1 698 5 parsed_1xsb 1
87
;
149 was -83 40.0
149 was -20 38.0 Added this from old list
;
701 1 704 2 parsed_1xsb 1
stop_
save_
Contact the webmaster for help, if required. Saturday, April 27, 2024 7:49:13 PM GMT (wattos1)