NMR Restraints Grid
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NMR Restraints Grid |
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Result table
| image | mrblock_id | pdb_id | bmrb_id | cing | stage | program | type | subtype | subsubtype | item_count |
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648767 |
6yfy   |
50202 | cing | 2-parsed | STAR | distance | general distance | ambi | 252 |
data_6yfy_MR_file_constraints
save_Conversion_project
_Study_list.Sf_category study_list
_Study_list.Entry_ID parsed_6yfy
_Study_list.ID 1
loop_
_Study.ID
_Study.Name
_Study.Type
_Study.Details
_Study.Entry_ID
_Study.Study_list_ID
1 "Conversion project" NMR . parsed_6yfy 1
stop_
save_
save_entry_information
_Entry.Sf_category entry_information
_Entry.ID parsed_6yfy
_Entry.Title "Original constraint list(s)"
_Entry.Version_type original
_Entry.Submission_date .
_Entry.Accession_date .
_Entry.Last_release_date .
_Entry.Original_release_date .
_Entry.Origination .
_Entry.NMR_STAR_version 3.1
_Entry.Original_NMR_STAR_version .
_Entry.Experimental_method NMR
_Entry.Experimental_method_subtype .
loop_
_Related_entries.Database_name
_Related_entries.Database_accession_code
_Related_entries.Relationship
_Related_entries.Entry_ID
PDB 6yfy "Master copy" parsed_6yfy
stop_
save_
save_global_Org_file_characteristics
_Constraint_stat_list.Sf_category constraint_statistics
_Constraint_stat_list.Entry_ID parsed_6yfy
_Constraint_stat_list.ID 1
loop_
_Constraint_file.ID
_Constraint_file.Constraint_filename
_Constraint_file.Software_ID
_Constraint_file.Software_label
_Constraint_file.Software_name
_Constraint_file.Block_ID
_Constraint_file.Constraint_type
_Constraint_file.Constraint_subtype
_Constraint_file.Constraint_subsubtype
_Constraint_file.Constraint_number
_Constraint_file.Entry_ID
_Constraint_file.Constraint_stat_list_ID
1 6yfy.mr . . "MR format" 1 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_6yfy 1
1 6yfy.mr . . XPLOR/CNS 2 "dihedral angle" "Not applicable" "Not applicable" 48 parsed_6yfy 1
1 6yfy.mr . . XPLOR/CNS 3 distance NOE ambi 40 parsed_6yfy 1
1 6yfy.mr . . XPLOR/CNS 4 distance "hydrogen bond" simple 24 parsed_6yfy 1
1 6yfy.mr . . XPLOR/CNS 5 distance "general distance" ambi 40 parsed_6yfy 1
1 6yfy.mr . . XPLOR/CNS 6 distance "hydrogen bond" simple 36 parsed_6yfy 1
1 6yfy.mr . . XPLOR/CNS 7 distance "general distance" ambi 252 parsed_6yfy 1
1 6yfy.mr . . "MR format" 8 "nomenclature mapping" "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_6yfy 1
stop_
save_
save_CNS/XPLOR_distance_constraints_7
_Distance_constraint_list.Sf_category distance_constraints
_Distance_constraint_list.Entry_ID parsed_6yfy
_Distance_constraint_list.ID 1
_Distance_constraint_list.Constraint_type "general distance"
_Distance_constraint_list.Constraint_file_ID 1
_Distance_constraint_list.Block_ID 7
_Distance_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
loop_
_Dist_constraint_tree.Constraint_ID
_Dist_constraint_tree.Node_ID
_Dist_constraint_tree.Down_node_ID
_Dist_constraint_tree.Right_node_ID
_Dist_constraint_tree.Logic_operation
_Dist_constraint_tree.Entry_ID
_Dist_constraint_tree.Distance_constraint_list_ID
1 1 . . . parsed_6yfy 1
2 1 . . . parsed_6yfy 1
3 1 . . . parsed_6yfy 1
4 1 . . . parsed_6yfy 1
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12 3 . . . parsed_6yfy 1
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13 2 . 3 . parsed_6yfy 1
13 3 . . . parsed_6yfy 1
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14 2 . 3 . parsed_6yfy 1
14 3 . . . parsed_6yfy 1
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15 3 . . . parsed_6yfy 1
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35 3 . . . parsed_6yfy 1
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43 3 . . . parsed_6yfy 1
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47 3 . . . parsed_6yfy 1
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61 1 . . . parsed_6yfy 1
62 1 . . . parsed_6yfy 1
63 1 . . . parsed_6yfy 1
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67 3 . . . parsed_6yfy 1
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1
;
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
DISTANCE restraints
2. teixobactin - Lipid II distance restraints
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
Lipid II - sugar
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Unambiguous
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;
Teixo-Lipid II contacts
from PARIS 600ms at 950Mhz
;
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11
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;
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12
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;
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;
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14
;
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or (segid "A" and resid 11 and name HN) (segid "C" and resid 9 and (name O1 or name O2 or name O3))
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or (resid 10 and name HN and segid A) (resid 8 and name P and segid C)
or (resid 9 and name HN and segid A) (resid 8 and name P and segid C)
or (resid 8 and name HN and segid A) (resid 8 and name P and segid C)
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or (resid 10 and name HN and segid A) (resid 8 and name P and segid C)
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or (resid 8 and name HN and segid A) (resid 8 and name P and segid C)
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or (resid 9 and name HN and segid A) (resid 9 and name P and segid C)
or (resid 8 and name HN and segid A) (resid 9 and name P and segid C)
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
SECOND PAIR (B + D)
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
Lipid II - sugar
from PARIS 600ms at 950Mhz
Unambiguous
;
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15 Ambiguous 202 1 202 11 parsed_6yfy 1
16
;
Lipid II sugar-pentapeptide contacts
from PARIS 600ms at 950Mhz
;
225 1 226 29 parsed_6yfy 1
17
;
Teixo-Lipid II contacts
from PARIS 600ms at 950Mhz
;
232 1 233 29 parsed_6yfy 1
18 PPI 275 1 275 5 parsed_6yfy 1
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23
;
or (segid "B" and resid 10 and name HN) (segid "D" and resid 9 and (name O1 or name O2 or name O3))
or (segid "B" and resid 11 and name HN) (segid "D" and resid 9 and (name O1 or name O2 or name O3))
;
314 1 315 102 parsed_6yfy 1
24
;
or (segid "B" and resid 10 and name HN) (segid "D" and resid 9 and (name O1 or name O2 or name O3))
or (segid "B" and resid 11 and name HN) (segid "D" and resid 9 and (name O1 or name O2 or name O3))
;
319 1 320 102 parsed_6yfy 1
25
;
or (segid "B" and resid 10 and name HN) (segid "D" and resid 9 and (name O1 or name O2 or name O3))
or (segid "B" and resid 11 and name HN) (segid "D" and resid 9 and (name O1 or name O2 or name O3))
;
324 1 325 102 parsed_6yfy 1
26
;
or (segid "B" and resid 10 and name HN) (segid "D" and resid 9 and (name O1 or name O2 or name O3))
or (segid "B" and resid 11 and name HN) (segid "D" and resid 9 and (name O1 or name O2 or name O3))
! ILE2/6 with TPL. Restraints to get the hydrophobic sidechains and TPL pointing into the same direction, as shown by T2-edited H(H)C experiment
;
329 1 333 147 parsed_6yfy 1
27
;
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
! ! PAIRS E - G & F - H
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
Lipid II - sugar
from PARIS 600ms at 950Mhz
Unambiguous
;
364 1 375 13 parsed_6yfy 1
28 Ambiguous 385 1 385 11 parsed_6yfy 1
29
;
Lipid II sugar-pentapeptide contacts
from PARIS 600ms at 950Mhz
;
408 1 409 29 parsed_6yfy 1
30
;
Teixo-Lipid II contacts
from PARIS 600ms at 950Mhz
;
415 1 416 29 parsed_6yfy 1
31 PPI 458 1 458 5 parsed_6yfy 1
32 'or (segid "E" and resid 8 and name HN) (segid "G" and resid 9 and (name O1 or name O2 or name O3))' 460 1 460 103 parsed_6yfy 1
33 'or (segid "E" and resid 8 and name HN) (segid "G" and resid 9 and (name O1 or name O2 or name O3))' 469 1 469 103 parsed_6yfy 1
34 'or (segid "E" and resid 8 and name HN) (segid "G" and resid 9 and (name O1 or name O2 or name O3))' 478 1 478 103 parsed_6yfy 1
35 'or (segid "E" and resid 8 and name HN) (segid "G" and resid 9 and (name O1 or name O2 or name O3))' 487 1 487 103 parsed_6yfy 1
36 "PPi to include residue 9 / second Pi with certainty" 495 1 495 53 parsed_6yfy 1
37
;
or (segid "E" and resid 10 and name HN) (segid "G" and resid 9 and (name O1 or name O2 or name O3))
or (segid "E" and resid 11 and name HN) (segid "G" and resid 9 and (name O1 or name O2 or name O3))
;
499 1 500 103 parsed_6yfy 1
38
;
or (segid "E" and resid 10 and name HN) (segid "G" and resid 9 and (name O1 or name O2 or name O3))
or (segid "E" and resid 11 and name HN) (segid "G" and resid 9 and (name O1 or name O2 or name O3))
;
504 1 505 103 parsed_6yfy 1
39
;
or (segid "E" and resid 10 and name HN) (segid "G" and resid 9 and (name O1 or name O2 or name O3))
or (segid "E" and resid 11 and name HN) (segid "G" and resid 9 and (name O1 or name O2 or name O3))
;
509 1 510 103 parsed_6yfy 1
40
;
or (segid "E" and resid 10 and name HN) (segid "G" and resid 9 and (name O1 or name O2 or name O3))
or (segid "E" and resid 11 and name HN) (segid "G" and resid 9 and (name O1 or name O2 or name O3))
assign (resid 11 and name HN and segid E) (resid 8 and name P and segid G) 4.0 1.5 2.0
or (resid 10 and name HN and segid E) (resid 8 and name P and segid G)
or (resid 9 and name HN and segid E) (resid 8 and name P and segid G)
or (resid 8 and name HN and segid E) (resid 8 and name P and segid G)
assign (resid 11 and name HN and segid E) (resid 8 and name P and segid G) 4.0 1.5 2.0
or (resid 10 and name HN and segid E) (resid 8 and name P and segid G)
or (resid 9 and name HN and segid E) (resid 8 and name P and segid G)
or (resid 8 and name HN and segid E) (resid 8 and name P and segid G)
assign (resid 11 and name HN and segid E) (resid 9 and name P and segid G) 4.0 1.5 2.0
or (resid 10 and name HN and segid E) (resid 9 and name P and segid G)
or (resid 9 and name HN and segid E) (resid 9 and name P and segid G)
or (resid 8 and name HN and segid E) (resid 9 and name P and segid G)
assign (resid 11 and name HN and segid E) (resid 9 and name P and segid G) 4.0 1.5 2.0
or (resid 10 and name HN and segid E) (resid 9 and name P and segid G)
or (resid 9 and name HN and segid E) (resid 9 and name P and segid G)
or (resid 8 and name HN and segid E) (resid 9 and name P and segid G)
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
SECOND PAIR (F + H)
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
Lipid II - sugar
from PARIS 600ms at 950Mhz
Unambiguous
;
514 1 550 13 parsed_6yfy 1
41 Ambiguous 560 1 560 11 parsed_6yfy 1
42
;
Lipid II sugar-pentapeptide contacts
from PARIS 600ms at 950Mhz
;
583 1 584 29 parsed_6yfy 1
43
;
Teixo-Lipid II contacts
from PARIS 600ms at 950Mhz
;
590 1 591 29 parsed_6yfy 1
44 PPI 633 1 633 5 parsed_6yfy 1
45 'or (segid "F" and resid 8 and name HN) (segid "H" and resid 9 and (name O1 or name O2 or name O3))' 635 1 635 103 parsed_6yfy 1
46 'or (segid "F" and resid 8 and name HN) (segid "H" and resid 9 and (name O1 or name O2 or name O3))' 644 1 644 103 parsed_6yfy 1
47 'or (segid "F" and resid 8 and name HN) (segid "H" and resid 9 and (name O1 or name O2 or name O3))' 653 1 653 103 parsed_6yfy 1
48 'or (segid "F" and resid 8 and name HN) (segid "H" and resid 9 and (name O1 or name O2 or name O3))' 662 1 662 103 parsed_6yfy 1
49
;
or (segid "F" and resid 10 and name HN) (segid "H" and resid 9 and (name O1 or name O2 or name O3))
or (segid "F" and resid 11 and name HN) (segid "H" and resid 9 and (name O1 or name O2 or name O3))
;
672 1 673 102 parsed_6yfy 1
50
;
or (segid "F" and resid 10 and name HN) (segid "H" and resid 9 and (name O1 or name O2 or name O3))
or (segid "F" and resid 11 and name HN) (segid "H" and resid 9 and (name O1 or name O2 or name O3))
;
677 1 678 102 parsed_6yfy 1
51
;
or (segid "F" and resid 10 and name HN) (segid "H" and resid 9 and (name O1 or name O2 or name O3))
or (segid "F" and resid 11 and name HN) (segid "H" and resid 9 and (name O1 or name O2 or name O3))
;
682 1 683 102 parsed_6yfy 1
52
;
or (segid "F" and resid 10 and name HN) (segid "H" and resid 9 and (name O1 or name O2 or name O3))
or (segid "F" and resid 11 and name HN) (segid "H" and resid 9 and (name O1 or name O2 or name O3))
;
687 1 688 102 parsed_6yfy 1
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