NMR Restraints Grid
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NMR Restraints Grid |
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Result table
| image | mrblock_id | pdb_id | bmrb_id | cing | stage | program | type | subtype | item_count |
|
|
633641 |
6d2u   |
30452 | cing | 2-parsed | STAR | entry | full | 943 |
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_Study_list.Entry_ID parsed_6d2u
_Study_list.ID 1
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1 "Conversion project" NMR . parsed_6d2u 1
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_Entry.Sf_category entry_information
_Entry.ID parsed_6d2u
_Entry.Title "Original constraint list(s)"
_Entry.Version_type original
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_Entry.Origination .
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_Entry.Experimental_method NMR
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_Related_entries.Entry_ID
PDB 6d2u "Master copy" parsed_6d2u
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_Constraint_stat_list.Sf_category constraint_statistics
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1 6d2u.mr . . "MR format" 1 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_6d2u 1
1 6d2u.mr . . XPLOR/CNS 2 distance NOE simple 875 parsed_6d2u 1
1 6d2u.mr . . XPLOR/CNS 3 distance "hydrogen bond" simple 68 parsed_6d2u 1
1 6d2u.mr . . "MR format" 4 "nomenclature mapping" "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_6d2u 1
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_Org_constr_file_comment.Sf_category org_constr_file_comment
_Org_constr_file_comment.Entry_ID parsed_6d2u
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_Org_constr_file_comment.Constraint_file_ID 1
_Org_constr_file_comment.Block_ID 1
_Org_constr_file_comment.Details "Generated by Wattos"
_Org_constr_file_comment.Comment
;
*HEADER PEPTIDE/RNA 13-APR-18 6D2U
*TITLE SOLUTION STRUCTURE OF A ULTRA-HIGH AFFINITY MACROCYCLE BOUND TO HIV-1
*TITLE 2 TAR RNA
*COMPND MOL_ID: 1;
*COMPND 2 MOLECULE: DAB-VAL-ARG-THR-ARG-LYS-GLY-ARG-ARG-ILE-NOR-ILE-DPR-PRO;
*COMPND 3 CHAIN: A;
*COMPND 4 ENGINEERED: YES;
*COMPND 5 MOL_ID: 2;
*COMPND 6 MOLECULE: RNA (29-MER);
*COMPND 7 CHAIN: B;
*COMPND 8 ENGINEERED: YES
*SOURCE MOL_ID: 1;
*SOURCE 2 ORGANISM_SCIENTIFIC: SYNTHETIC CONSTRUCT;
*SOURCE 3 ORGANISM_TAXID: 32630;
*SOURCE 4 EXPRESSION_SYSTEM: SYNTHETIC CONSTRUCT;
*SOURCE 5 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 32630;
*SOURCE 6 MOL_ID: 2;
*SOURCE 7 ORGANISM_SCIENTIFIC: SYNTHETIC CONSTRUCT;
*SOURCE 8 ORGANISM_TAXID: 32630;
*SOURCE 9 EXPRESSION_SYSTEM: SYNTHETIC CONSTRUCT;
*SOURCE 10 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 32630
*KEYWDS MACROCYCLE INHIBITOR, COMPLEX, HIV-1 TAR, TAT, P-TEFB, RNA, PEPTIDE-
*KEYWDS 2 RNA COMPLEX
*EXPDTA SOLUTION NMR
*NUMMDL 10
*AUTHOR M.D.SHORTRIDGE,G.VARANI
*REVDAT 1 12-DEC-18 6D2U 0
;
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save_CNS/XPLOR_distance_constraints_2
_Distance_constraint_list.Sf_category distance_constraints
_Distance_constraint_list.Entry_ID parsed_6d2u
_Distance_constraint_list.ID 1
_Distance_constraint_list.Constraint_type NOE
_Distance_constraint_list.Constraint_file_ID 1
_Distance_constraint_list.Block_ID 2
_Distance_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
loop_
_Dist_constraint_tree.Constraint_ID
_Dist_constraint_tree.Node_ID
_Dist_constraint_tree.Down_node_ID
_Dist_constraint_tree.Right_node_ID
_Dist_constraint_tree.Logic_operation
_Dist_constraint_tree.Entry_ID
_Dist_constraint_tree.Distance_constraint_list_ID
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stop_
loop_
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89 1 2 . . . . . . . . . 38 . H5 parsed_6d2u 1
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351 1 2 . . . . . . . . . 12 . HA parsed_6d2u 1
352 1 1 . . . . . . . . . 12 . HB parsed_6d2u 1
352 1 2 . . . . . . . . . 13 . HD1 parsed_6d2u 1
353 1 1 . . . . . . . . . 12 . HG2# parsed_6d2u 1
353 1 2 . . . . . . . . . 12 . HA parsed_6d2u 1
354 1 1 . . . . . . . . . 12 . HG1# parsed_6d2u 1
354 1 2 . . . . . . . . . 12 . HA parsed_6d2u 1
355 1 1 . . . . . . . . . 12 . HG2# parsed_6d2u 1
355 1 2 . . . . . . . . . 12 . HB parsed_6d2u 1
356 1 1 . . . . . . . . . 12 . HG1# parsed_6d2u 1
356 1 2 . . . . . . . . . 12 . HB parsed_6d2u 1
357 1 1 . . . . . . . . . 12 . HG2# parsed_6d2u 1
357 1 2 . . . . . . . . . 10 . HG2# parsed_6d2u 1
358 1 1 . . . . . . . . . 12 . HG2# parsed_6d2u 1
358 1 2 . . . . . . . . . 10 . HB parsed_6d2u 1
359 1 1 . . . . . . . . . 12 . HG# parsed_6d2u 1
359 1 2 . . . . . . . . . 10 . HA parsed_6d2u 1
360 1 1 . . . . . . . . . 12 . HG2# parsed_6d2u 1
360 1 2 . . . . . . . . . 3 . HD# parsed_6d2u 1
361 1 1 . . . . . . . . . 12 . HD# parsed_6d2u 1
361 1 2 . . . . . . . . . 2 . HA parsed_6d2u 1
362 1 1 . . . . . . . . . 12 . HD# parsed_6d2u 1
362 1 2 . . . . . . . . . 3 . HD# parsed_6d2u 1
363 1 1 . . . . . . . . . 12 . HD# parsed_6d2u 1
363 1 2 . . . . . . . . . 13 . HD# parsed_6d2u 1
364 1 1 . . . . . . . . . 12 . HD# parsed_6d2u 1
364 1 2 . . . . . . . . . 12 . HA parsed_6d2u 1
365 1 1 . . . . . . . . . 12 . HD# parsed_6d2u 1
365 1 2 . . . . . . . . . 12 . HB parsed_6d2u 1
366 1 1 . . . . . . . . . 12 . HD# parsed_6d2u 1
366 1 2 . . . . . . . . . 12 . HG1# parsed_6d2u 1
367 1 1 . . . . . . . . . 12 . HD# parsed_6d2u 1
367 1 2 . . . . . . . . . 12 . HG2# parsed_6d2u 1
368 1 1 . . . . . . . . . 13 . HA parsed_6d2u 1
368 1 2 . . . . . . . . . 13 . HD1 parsed_6d2u 1
369 1 1 . . . . . . . . . 13 . HA parsed_6d2u 1
369 1 2 . . . . . . . . . 13 . HD2 parsed_6d2u 1
370 1 1 . . . . . . . . . 13 . HB2 parsed_6d2u 1
370 1 2 . . . . . . . . . 13 . HB1 parsed_6d2u 1
371 1 1 . . . . . . . . . 13 . HB2 parsed_6d2u 1
371 1 2 . . . . . . . . . 13 . HD1 parsed_6d2u 1
372 1 1 . . . . . . . . . 13 . HB2 parsed_6d2u 1
372 1 2 . . . . . . . . . 13 . HD2 parsed_6d2u 1
373 1 1 . . . . . . . . . 13 . HB1 parsed_6d2u 1
373 1 2 . . . . . . . . . 13 . HD1 parsed_6d2u 1
374 1 1 . . . . . . . . . 13 . HB1 parsed_6d2u 1
374 1 2 . . . . . . . . . 13 . HD2 parsed_6d2u 1
375 1 1 . . . . . . . . . 13 . HG1 parsed_6d2u 1
375 1 2 . . . . . . . . . 13 . HD1 parsed_6d2u 1
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377 1 2 . . . . . . . . . 13 . HD2 parsed_6d2u 1
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378 1 2 . . . . . . . . . 13 . HD1 parsed_6d2u 1
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379 1 2 . . . . . . . . . 1 . HN parsed_6d2u 1
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390 1 2 . . . . . . . . . 17 . H1 parsed_6d2u 1
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391 1 2 . . . . . . . . . 17 . H1 parsed_6d2u 1
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466 1 2 . . . . . . . . . 40 . H3 parsed_6d2u 1
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467 1 2 . . . . . . . . . 40 . H3 parsed_6d2u 1
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468 1 2 . . . . . . . . . 40 . H3 parsed_6d2u 1
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470 1 1 . . . . . . . . . 41 . H42 parsed_6d2u 1
470 1 2 . . . . . . . . . 40 . H3 parsed_6d2u 1
471 1 1 . . . . . . . . . 41 . H5 parsed_6d2u 1
471 1 2 . . . . . . . . . 40 . H3 parsed_6d2u 1
472 1 1 . . . . . . . . . 41 . H1' parsed_6d2u 1
472 1 2 . . . . . . . . . 40 . H3 parsed_6d2u 1
473 1 1 . . . . . . . . . 40 . H1' parsed_6d2u 1
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;
-------------------------------------------------------------------------!
Intermolecular NOE Table for HIV TAR bound to JB181 peptide !
Updated 053016 mds
RNA, 29mer GGCAGAUCUGAGCCUGGGAGCUCUCUGCC
JB181, 14mer DAB VAL ARG THR ARG LYS GLY ARG ARG ILE NOR ILE DPR PRO
DAB= L-Diamino Butyric Acid
NOR= L-2-Amino-4-guanidinobutyric acid
DPR= D-Proline
! NOE binning !!
! 100ms
medium 3.5 1.2 1.2
weak 4.5 1.6 1.6
! 300ms
weak 4.5 1.6 1.6
very weak 5.0 2.0 2.0
TOTAL intermolecular NOES = 92
H2O =
D2O =
------------------------------------------------------------------------!
!*** H2O NOESY ***!!
------------------------------------------------------------------------!
G21
;
2 1 26 5 parsed_6d2u 1
2 A22 29 1 29 5 parsed_6d2u 1
3 U23 32 1 32 6 parsed_6d2u 1
4 C24 42 1 42 5 parsed_6d2u 1
5 U25 45 1 45 5 parsed_6d2u 1
6 G26 49 1 49 6 parsed_6d2u 1
7 G28 53 1 53 5 parsed_6d2u 1
8
;
assign ( resid 5 and name HH2# ) ( resid 28 and name H8 ) 4.5 1.6 1.6
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U38
;
55 1 58 6 parsed_6d2u 1
9
;
-----------------------------------------------------------------------!
!*** D2O NOESY ***!!
-----------------------------------------------------------------------!
G21
;
62 1 65 5 parsed_6d2u 1
10
;
************************************************************************!
A22
;
68 1 69 5 parsed_6d2u 1
11
;
*************************************************************************!
U23
;
75 1 76 5 parsed_6d2u 1
12 "assign ( resid 8 and name HG# ) ( resid 23 and name H6 ) 4.5 1.6 1.6" 94 1 94 75 parsed_6d2u 1
13 "assign ( resid 5 and name HG# ) ( resid 23 and name H1' ) 5.0 2.0 2.0" 99 1 99 75 parsed_6d2u 1
14
;
assign ( resid 5 and name HD# ) ( resid 23 and name H1' ) 5.0 2.0 2.0
assign ( resid 10 and name HG2# ) ( resid 23 and name H1' ) 5.0 2.0 2.0
*************************************************************************!
C24
;
101 1 105 5 parsed_6d2u 1
15
;
*************************************************************************!
U25
assign ( resid 4 and name HG2# ) ( resid 25 and name H5 ) 5.0 2.0 2.0
;
123 1 125 74 parsed_6d2u 1
16
;
assign ( resid 10 and name HD# ) ( resid 25 and name H6 ) 5.0 2.0 2.0
*************************************************************************!
C30
assign ( resid 8 and name HG# ) ( resid 30 and name H1' ) 4.5 1.6 1.6
;
128 1 132 75 parsed_6d2u 1
17
;
*************************************************************************!
G32
assign ( resid 8 and name HD1 ) ( resid 32 and name H8 ) 4.5 1.6 1.6
assign ( resid 8 and name HD2 ) ( resid 32 and name H8 ) 4.5 1.6 1.6
************************************************************************!
G33
assign ( resid 8 and name HD1 ) ( resid 33 and name H8 ) 4.5 1.6 1.6
assign ( resid 8 and name HD2 ) ( resid 33 and name H8 ) 4.5 1.6 1.6
assign ( resid 8 and name HB1 ) ( resid 33 and name H8 ) 5.0 2.0 2.0
assign ( resid 8 and name HB2 ) ( resid 33 and name H8 ) 5.0 2.0 2.0
************************************************************************!
G34
;
135 1 148 5 parsed_6d2u 1
18 "assign ( resid 9 and name HD# ) ( resid 34 and name H8 ) 4.5 1.6 1.6" 152 1 152 75 parsed_6d2u 1
19
;
assign ( resid 12 and name HD# ) ( resid 34 and name H8 ) 4.5 1.6 1.6
assign ( resid 12 and name HG2# ) ( resid 34 and name H8 ) 4.5 1.6 1.6
assign ( resid 8 and name HG# ) ( resid 34 and name H1' ) 4.5 1.6 1.6
assign ( resid 9 and name HD# ) ( resid 34 and name H1' ) 5.0 2.0 2.0
;
157 1 161 75 parsed_6d2u 1
20
;
assign ( resid 8 and name HG1 ) ( resid 34 and name H2'' ) 5.0 2.0 2.0
assign ( resid 8 and name HG2 ) ( resid 34 and name H2'' ) 5.0 2.0 2.0
************************************************************************!
A35
assign ( resid 2 and name HG# ) ( resid 35 and name H2 ) 4.5 1.6 1.6
assign ( resid 2 and name HB ) ( resid 35 and name H2 ) 5.0 2.0 2.0
;
165 1 171 75 parsed_6d2u 1
21
;
assign ( resid 14 and name HB1 ) ( resid 35 and name H2 ) 5.0 2.0 2.0
assign ( resid 14 and name HD2 ) ( resid 35 and name H2 ) 4.5 1.6 1.6
assign ( resid 14 and name HD1 ) ( resid 35 and name H2 ) 4.5 1.6 1.6
assign ( resid 2 and name HG1# ) ( resid 35 and name H8 ) 5.0 2.0 2.0
;
176 1 180 75 parsed_6d2u 1
22 "assign ( resid 3 and name HB1 ) ( resid 35 and name H1' ) 5.0 2.0 2.0" 187 1 187 74 parsed_6d2u 1
23 "assign ( resid 2 and name HG# ) ( resid 35 and name H1' ) 4.5 1.6 1.6" 191 1 191 75 parsed_6d2u 1
24
;
**************************************************************************!
G36
;
196 1 197 5 parsed_6d2u 1
25
;
**************************************************************************!
C37
;
202 1 203 5 parsed_6d2u 1
26
;
**************************************************************************!
U38
;
208 1 209 5 parsed_6d2u 1
27
;
**************************************************************************!
C39
;
213 1 214 5 parsed_6d2u 1
28
;
-------------------------------------------------------------------------!
PEPTIDE NOE Table for HIV TAR bound to JB181 peptide, HN assignments from 800MHz waterNOESY (100ms) !
Updated 072616 mds
RNA, 29mer GGCAGAUCUGAGCCUGGGAGCUCUCUGCC
JB181, 14mer DAB VAL ARG THR ARG LYS GLY ARG ARG ILE NOR ILE DPR PRO
DAB= L-Diamino Butyric Acid
NOR= L-2-Amino-4-guanidinobutyric acid
DPR= D-Proline
!NOTE: If two sterospecific atoms have same intensity used sum averaging with soft square !!
! NOE binning !!
strong 2.5 0.7 0.7
medium 3.5 1.2 1.2
weak 4.5 1.6 1.6
very weak 5.0 2.0 2.0
TOTAL PEPTIDE NOES = 294
long range = (i-j > 6) =
short range = (2 > i-j < 5) =
sequential = (i to j) =
intraresidue = (i to i) =
------------------------------------------------------------------------!
!***BACKBONE NOE***!!
HN-HA
;
218 1 244 7 parsed_6d2u 1
29 HN-HN 273 1 273 7 parsed_6d2u 1
30 "CROSS STRAND HN-HA" 288 1 288 20 parsed_6d2u 1
31 "CROSS STRAND HN-HN" 294 1 294 20 parsed_6d2u 1
32 "CROSS STRAND HA-HA" 299 1 299 20 parsed_6d2u 1
33
;
----------------------------------------------------------------------------!
!*** Side Chain NOEs *** !!
DAB 1
;
303 1 306 7 parsed_6d2u 1
34
;
assign ( resid 1 and name HG1 ) ( resid 2 and name HN ) 2.5 0.7 0.7
assign ( resid 1 and name HG2 ) ( resid 2 and name HN ) 4.5 1.6 1.6
;
317 1 318 74 parsed_6d2u 1
35 "VAL 2" 329 1 329 7 parsed_6d2u 1
36 "ARG 3" 343 1 343 8 parsed_6d2u 1
37 "assign ( resid 3 and name HA ) ( resid 3 and name HE ) 4.5 1.6 1.6" 350 1 350 74 parsed_6d2u 1
38
;
assign ( resid 3 and name HE ) ( resid 3 and name HN ) 4.5 1.6 1.6
THR 4
;
368 1 371 7 parsed_6d2u 1
39 "ARG 5" 398 1 398 7 parsed_6d2u 1
40 "assign ( resid 5 and name HN ) ( resid 10 and name HB ) 4.5 1.6 1.6" 401 1 401 75 parsed_6d2u 1
41 "assign ( resid 5 and name HE ) ( resid 10 and name HB ) 4.5 1.6 1.6" 427 1 427 75 parsed_6d2u 1
42 "LYS 6" 431 1 431 7 parsed_6d2u 1
43
;
assign ( resid 6 and name HE1 ) ( resid 6 and name HN ) 5.0 2.0 2.0
assign ( resid 6 and name HE1 ) ( resid 6 and name HN ) 5.0 2.0 2.0
assign ( resid 6 and name HZ1 ) ( resid 6 and name HN ) 4.5 1.6 1.6
assign ( resid 6 and name HZ1 ) ( resid 6 and name HN ) 5.0 2.0 2.0
GLY 7
;
461 1 467 7 parsed_6d2u 1
44 "ARG 8" 483 1 483 7 parsed_6d2u 1
45 "ARG 9" 514 1 514 7 parsed_6d2u 1
46
;
assign ( resid 9 and name HG1 ) ( resid 9 and name HB1 ) 2.5 0.7 0.7
assign ( resid 9 and name HG1 ) ( resid 9 and name HB2 ) 2.5 0.7 0.7
;
527 1 528 74 parsed_6d2u 1
47 "ILE 10" 537 1 537 8 parsed_6d2u 1
48 "assign ( resid 10 and name HA ) ( resid 12 and name HB ) 4.5 1.6 1.6" 553 1 553 74 parsed_6d2u 1
49 "NOR 11" 572 1 572 8 parsed_6d2u 1
50 "assign ( resid 11 and name HB2 ) ( resid 14 and name HA ) 4.5 1.6 1.5" 580 1 580 74 parsed_6d2u 1
51 "ILE 12" 593 1 593 8 parsed_6d2u 1
52
;
assign ( resid 12 and name HG21 ) ( resid 13 and name HD1 ) 2.5 0.7 0.7
assign ( resid 12 and name HG21 ) ( resid 13 and name HD2 ) 3.5 1.2 1.2
;
611 1 612 74 parsed_6d2u 1
53 "D-PRO 13" 626 1 626 10 parsed_6d2u 1
54 "PRO 14" 641 1 641 8 parsed_6d2u 1
55
;
-------------------------------------------------------------------------!
RNA NOE Table for HIV TAR bound to JB181 peptide !
Updated 073016 mds
RNA, 29mer GGCAGAUCUGAGCCUGGGAGCUCUCUGCC
JB181, 14mer DAB VAL ARG THR ARG LYS GLY ARG ARG ILE NOR ILE DPR PRO
DAB= L-Diamino Butyric Acid
NOR= L-2-Amino-4-guanidinobutyric acid
DPR= D-Proline
! NOE binning !!
strong 2.5 0.7 0.7
medium 3.5 1.2 1.2
weak 4.5 1.6 1.6
very weak 5.0 2.0 2.0
------------------------------------------------------------------------!
!*** H2O NOESY ***!!
******************************************!
! STEM REGIONS G17-A22, G26-C29, G36-C45 !!
******************************************!
G17
;
657 1 678 5 parsed_6d2u 1
56 G18 683 1 683 5 parsed_6d2u 1
57 A22 694 1 694 5 parsed_6d2u 1
58 G21 698 1 698 5 parsed_6d2u 1
59 "assign ( resid 40 and name H5 ) ( resid 21 and name H1 ) 4.5 1.6 1.6" 708 1 708 74 parsed_6d2u 1
60
;
C24
U25
G26
;
713 1 717 5 parsed_6d2u 1
61 "assign ( resid 38 and name H5 ) ( resid 26 and name H1 ) 4.5 1.6 1.6" 725 1 725 74 parsed_6d2u 1
62 A27 733 1 733 5 parsed_6d2u 1
63
;
G28
assign ( resid 23 and name H5 ) ( resid 28 and name H1 ) 4.5 1.6 1.6
;
740 1 741 74 parsed_6d2u 1
64 C29 758 1 758 5 parsed_6d2u 1
65
;
assign ( resid 29 and name H42 ) ( resid 38 and name H6 ) 4.5 1.6 1.6
assign ( resid 29 and name H6 ) ( resid 37 and name H42 ) 4.5 1.6 1.6
G36
;
764 1 767 5 parsed_6d2u 1
66 "assign ( resid 23 and name H5 ) ( resid 36 and name H1 ) 4.5 1.6 1.6" 772 1 772 74 parsed_6d2u 1
67 C39 779 1 779 5 parsed_6d2u 1
68 U40 783 1 783 5 parsed_6d2u 1
69 U42 797 1 797 5 parsed_6d2u 1
70 G43 810 1 810 5 parsed_6d2u 1
71
;
*****************************!
BASE Triple -U23-A27-U28- !
*****************************!
U23
;
818 1 821 5 parsed_6d2u 1
72 U38 836 1 836 5 parsed_6d2u 1
73
;
***********************!
!Terminal Loop C30-A35!!
***********************!
! Iminios missing/exchange !!
C30
U31
G32
G33
G34
found imino peak in 1D 1H maybe G17?
!-----------------------------------------------------------------------!!
!*** D2O NOESY ***!!
!-----------------------------------------------------------------------!!
!Helical stems!!
*******************!
Sugar to Base !
*******************!
H1' to H2
;
850 1 872 11 parsed_6d2u 1
74 "H1' to H5" 885 1 885 11 parsed_6d2u 1
75 "H1' to H6/8 walk" 895 1 895 18 parsed_6d2u 1
76 "H2' to H2/H5" 937 1 937 14 parsed_6d2u 1
77 "H2' H6/H8" 953 1 953 11 parsed_6d2u 1
78 "H3' to H5/H2" 987 1 987 15 parsed_6d2u 1
79 "H3' to H6/H8" 1001 1 1001 15 parsed_6d2u 1
80
;
H4' to H2
H4' to H5
assign ( resid 29 and name H4' ) ( resid 29 and name H5 ) 5.0 3.2 2.0
H4' to H6/H8
;
1031 1 1036 15 parsed_6d2u 1
81
;
H5'/5'' to H2
H5'/5'' to H5
assign ( resid 39 and name H5'' ) ( resid 39 and name H5 ) 5.0 2.0 2.0
;
1053 1 1056 73 parsed_6d2u 1
82 "H5'/5'' to H6/H8" 1061 1 1061 19 parsed_6d2u 1
83
;
******************!
Base to Base !
******************!
H5 to H5
;
1082 1 1085 11 parsed_6d2u 1
84 "H5 to H6" 1088 1 1088 10 parsed_6d2u 1
85 "H5 to H6/H8" 1102 1 1102 13 parsed_6d2u 1
86 "H6/8 to H6/H8" 1114 1 1114 17 parsed_6d2u 1
87 "H5/6/8 to H2" 1126 1 1126 14 parsed_6d2u 1
88
;
********************!
Sugar to Sugar !
********************!
H1' to H2'
;
1131 1 1134 12 parsed_6d2u 1
89 "H1' to H3'" 1172 1 1172 12 parsed_6d2u 1
90 "H1' to H4'" 1193 1 1193 12 parsed_6d2u 1
91 "H1' to H5'/H5''" 1211 1 1211 17 parsed_6d2u 1
92
;
H2' to H3'
all missing??? H2'-H3' should be med/strong in 3' endo??
H2' to H4'
all missing??? H2'-H4' should be weak/med in 3' endo??
H2' to H5'/H5''
all missing??? H2'-H5'/H5'' should be weak in 3' endo??
H3' to H4'
all missing??? H2'-H5'/H5'' should be weak in 3' endo??
H3' to H5'/H5''
all missing??? H2'-H5'/H5'' should be weak in 3' endo??
H4' to H5'/H5''
all missing??? H2'-H5'/H5'' should be weak in 3' endo??
**************!
UCU Bulge !
**************!
!U23!!
;
1231 1 1249 8 parsed_6d2u 1
93
;
assign ( resid 22 and name H3' ) ( resid 23 and name H1' ) 5.0 2.0 2.0
assign ( resid 22 and name H4' ) ( resid 23 and name H1' ) 5.0 2.0 2.0
;
1251 1 1252 73 parsed_6d2u 1
94 !C24!! 1266 1 1266 8 parsed_6d2u 1
95 "assign ( resid 24 and name H6 ) ( resid 25 and name H6 ) 4.5 1.6 1.6" 1268 1 1268 74 parsed_6d2u 1
96 "! overlap with H5/H6 !!" 1269 74 1269 98 parsed_6d2u 1
97 "assign ( resid 24 and name H2'' ) ( resid 25 and name H1' ) 5.0 2.0 2.0" 1271 1 1271 73 parsed_6d2u 1
98
;
assign ( resid 25 and name H5' ) ( resid 24 and name H1' ) 5.0 2.0 2.0
!U25!!
;
1279 1 1281 8 parsed_6d2u 1
99
;
****************!
Terminal loop !
****************!
C30
;
1291 1 1294 5 parsed_6d2u 1
100
;
assign ( resid 29 and name H5'' ) ( resid 30 and name H6 ) 4.5 1.6 1.6
assign ( resid 29 and name H5' ) ( resid 30 and name H6 ) 4.5 1.6 1.6
;
1299 1 1300 74 parsed_6d2u 1
101
;
U31
assign ( resid 29 and name H6 ) ( resid 31 and name H6 ) 4.5 1.6 1.6
;
1315 1 1316 74 parsed_6d2u 1
102 G32 1325 1 1325 5 parsed_6d2u 1
103 G33 1341 1 1341 5 parsed_6d2u 1
104 G34 1348 1 1348 5 parsed_6d2u 1
105 "assign ( resid 34 and name H8 ) ( resid 35 and name H8 ) 4.5 1.6 1.6" 1356 1 1356 74 parsed_6d2u 1
106 A35 1364 1 1364 5 parsed_6d2u 1
107
;
assign ( resid 35 and name H2 ) ( resid ?? and name H8 ) 4.5 1.6 1.6
assign ( resid 35 and name H2 ) ( resid ?? and name H6 ) 4.5 1.6 1.6
assign ( resid 31 and name H1' ) ( resid 35 and name H2 ) 4.5 1.6 1.6
assign ( resid ?? and name H1' ) ( resid 35 and name H2 ) 3.5 1.2 1.2
;
1366 1 1370 73 parsed_6d2u 1
stop_
loop_
_Dist_constraint_parse_err.ID
_Dist_constraint_parse_err.Content
_Dist_constraint_parse_err.Begin_line
_Dist_constraint_parse_err.Begin_column
_Dist_constraint_parse_err.End_line
_Dist_constraint_parse_err.End_column
_Dist_constraint_parse_err.Entry_ID
_Dist_constraint_parse_err.Distance_constraint_list_ID
1 "# Restraints file 1: mds_181_tar_intermolecularnoes.tbl" 1 1 1 55 parsed_6d2u 1
2 "# Restraints file 2: mds_JB181_072616.tbl" 217 1 217 41 parsed_6d2u 1
3 "# Restraints file 3: rna_noesy_mds_081116.tbl" 656 1 656 45 parsed_6d2u 1
stop_
save_
save_CNS/XPLOR_distance_constraints_3
_Distance_constraint_list.Sf_category distance_constraints
_Distance_constraint_list.Entry_ID parsed_6d2u
_Distance_constraint_list.ID 2
_Distance_constraint_list.Constraint_type "hydrogen bond"
_Distance_constraint_list.Constraint_file_ID 1
_Distance_constraint_list.Block_ID 3
_Distance_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
loop_
_Dist_constraint_tree.Constraint_ID
_Dist_constraint_tree.Node_ID
_Dist_constraint_tree.Down_node_ID
_Dist_constraint_tree.Right_node_ID
_Dist_constraint_tree.Logic_operation
_Dist_constraint_tree.Entry_ID
_Dist_constraint_tree.Distance_constraint_list_ID
1 1 . . . parsed_6d2u 2
2 1 . . . parsed_6d2u 2
3 1 . . . parsed_6d2u 2
4 1 . . . parsed_6d2u 2
5 1 . . . parsed_6d2u 2
6 1 . . . parsed_6d2u 2
7 1 . . . parsed_6d2u 2
8 1 . . . parsed_6d2u 2
9 1 . . . parsed_6d2u 2
10 1 . . . parsed_6d2u 2
11 1 . . . parsed_6d2u 2
12 1 . . . parsed_6d2u 2
13 1 . . . parsed_6d2u 2
14 1 . . . parsed_6d2u 2
15 1 . . . parsed_6d2u 2
16 1 . . . parsed_6d2u 2
17 1 . . . parsed_6d2u 2
18 1 . . . parsed_6d2u 2
19 1 . . . parsed_6d2u 2
20 1 . . . parsed_6d2u 2
21 1 . . . parsed_6d2u 2
22 1 . . . parsed_6d2u 2
23 1 . . . parsed_6d2u 2
24 1 . . . parsed_6d2u 2
25 1 . . . parsed_6d2u 2
26 1 . . . parsed_6d2u 2
27 1 . . . parsed_6d2u 2
28 1 . . . parsed_6d2u 2
29 1 . . . parsed_6d2u 2
30 1 . . . parsed_6d2u 2
31 1 . . . parsed_6d2u 2
32 1 . . . parsed_6d2u 2
33 1 . . . parsed_6d2u 2
34 1 . . . parsed_6d2u 2
35 1 . . . parsed_6d2u 2
36 1 . . . parsed_6d2u 2
37 1 . . . parsed_6d2u 2
38 1 . . . parsed_6d2u 2
39 1 . . . parsed_6d2u 2
40 1 . . . parsed_6d2u 2
41 1 . . . parsed_6d2u 2
42 1 . . . parsed_6d2u 2
43 1 . . . parsed_6d2u 2
44 1 . . . parsed_6d2u 2
45 1 . . . parsed_6d2u 2
46 1 . . . parsed_6d2u 2
47 1 . . . parsed_6d2u 2
48 1 . . . parsed_6d2u 2
49 1 . . . parsed_6d2u 2
50 1 . . . parsed_6d2u 2
51 1 . . . parsed_6d2u 2
52 1 . . . parsed_6d2u 2
53 1 . . . parsed_6d2u 2
54 1 . . . parsed_6d2u 2
55 1 . . . parsed_6d2u 2
56 1 . . . parsed_6d2u 2
57 1 . . . parsed_6d2u 2
58 1 . . . parsed_6d2u 2
59 1 . . . parsed_6d2u 2
60 1 . . . parsed_6d2u 2
61 1 . . . parsed_6d2u 2
62 1 . . . parsed_6d2u 2
63 1 . . . parsed_6d2u 2
64 1 . . . parsed_6d2u 2
65 1 . . . parsed_6d2u 2
66 1 . . . parsed_6d2u 2
67 1 . . . parsed_6d2u 2
68 1 . . . parsed_6d2u 2
stop_
loop_
_Dist_constraint.Tree_node_member_constraint_ID
_Dist_constraint.Tree_node_member_node_ID
_Dist_constraint.Constraint_tree_node_member_ID
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_Dist_constraint.Entity_ID
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2 1 2 . . . . . . . . . 28 . N7 parsed_6d2u 2
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3 1 2 . . . . . . . . . 28 . O6 parsed_6d2u 2
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4 1 2 . . . . . . . . . 28 . O6 parsed_6d2u 2
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55 1 2 . . . . . . . . . 37 . N3 parsed_6d2u 2
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56 1 2 . . . . . . . . . 37 . N3 parsed_6d2u 2
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57 1 2 . . . . . . . . . 36 . N1 parsed_6d2u 2
58 1 1 . . . . . . . . . 29 . N3 parsed_6d2u 2
58 1 2 . . . . . . . . . 36 . H1 parsed_6d2u 2
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59 1 2 . . . . . . . . . 36 . O6 parsed_6d2u 2
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60 1 2 . . . . . . . . . 36 . N2 parsed_6d2u 2
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61 1 2 . . . . . . . . . 36 . N2 parsed_6d2u 2
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62 1 2 . . . . . . . . . 36 . O6 parsed_6d2u 2
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68 1 1 . . . . . . . . . 30 . N3 parsed_6d2u 2
68 1 2 . . . . . . . . . 34 . O6 parsed_6d2u 2
stop_
loop_
_Dist_constraint_value.Constraint_ID
_Dist_constraint_value.Tree_node_ID
_Dist_constraint_value.Source_experiment_ID
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_Dist_constraint_value.Intensity_val
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_Dist_constraint_value.Distance_val
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_Dist_constraint_value.Distance_upper_bound_val
_Dist_constraint_value.Entry_ID
_Dist_constraint_value.Distance_constraint_list_ID
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2 1 . . . . . 2.87 2.67 3.07 parsed_6d2u 2
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4 1 . . . . . 2.81 2.61 3.01 parsed_6d2u 2
5 1 . . . . . 1.86 1.66 2.06 parsed_6d2u 2
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7 1 . . . . . 2.87 2.67 3.07 parsed_6d2u 2
8 1 . . . . . 1.86 1.66 2.06 parsed_6d2u 2
9 1 . . . . . 2.81 2.61 3.01 parsed_6d2u 2
10 1 . . . . . 2.81 2.61 3.01 parsed_6d2u 2
11 1 . . . . . 3.58 3.38 3.78 parsed_6d2u 2
12 1 . . . . . 3.63 3.43 3.83 parsed_6d2u 2
13 1 . . . . . 2.87 2.67 3.07 parsed_6d2u 2
14 1 . . . . . 1.86 1.66 2.06 parsed_6d2u 2
15 1 . . . . . 2.81 2.61 3.01 parsed_6d2u 2
16 1 . . . . . 2.81 2.61 3.01 parsed_6d2u 2
17 1 . . . . . 3.58 3.38 3.78 parsed_6d2u 2
18 1 . . . . . 3.63 3.43 3.83 parsed_6d2u 2
19 1 . . . . . 2.87 2.67 3.07 parsed_6d2u 2
20 1 . . . . . 1.86 1.66 2.06 parsed_6d2u 2
21 1 . . . . . 2.81 2.61 3.01 parsed_6d2u 2
22 1 . . . . . 2.81 2.61 3.01 parsed_6d2u 2
23 1 . . . . . 3.58 3.38 3.78 parsed_6d2u 2
24 1 . . . . . 3.63 3.43 3.83 parsed_6d2u 2
25 1 . . . . . 2.73 2.53 2.93 parsed_6d2u 2
26 1 . . . . . 2.92 2.72 3.12 parsed_6d2u 2
27 1 . . . . . 1.73 1.53 1.93 parsed_6d2u 2
28 1 . . . . . 2.87 2.67 3.07 parsed_6d2u 2
29 1 . . . . . 1.86 1.66 2.06 parsed_6d2u 2
30 1 . . . . . 2.81 2.61 3.01 parsed_6d2u 2
31 1 . . . . . 2.81 2.61 3.01 parsed_6d2u 2
32 1 . . . . . 3.58 3.38 3.78 parsed_6d2u 2
33 1 . . . . . 3.63 3.43 3.83 parsed_6d2u 2
34 1 . . . . . 2.73 2.53 2.93 parsed_6d2u 2
35 1 . . . . . 2.92 2.72 3.12 parsed_6d2u 2
36 1 . . . . . 1.73 1.53 1.93 parsed_6d2u 2
37 1 . . . . . 2.87 2.67 3.07 parsed_6d2u 2
38 1 . . . . . 1.86 1.66 2.06 parsed_6d2u 2
39 1 . . . . . 2.81 2.61 3.01 parsed_6d2u 2
40 1 . . . . . 2.81 2.61 3.01 parsed_6d2u 2
41 1 . . . . . 3.58 3.38 3.78 parsed_6d2u 2
42 1 . . . . . 3.63 3.43 3.83 parsed_6d2u 2
43 1 . . . . . 1.73 1.53 1.93 parsed_6d2u 2
44 1 . . . . . 2.73 2.53 2.93 parsed_6d2u 2
45 1 . . . . . 1.86 1.66 2.06 parsed_6d2u 2
46 1 . . . . . 2.73 2.53 2.93 parsed_6d2u 2
47 1 . . . . . 1.73 1.53 1.93 parsed_6d2u 2
48 1 . . . . . 2.73 2.53 2.93 parsed_6d2u 2
49 1 . . . . . 2.92 2.72 3.12 parsed_6d2u 2
50 1 . . . . . 1.73 1.53 1.93 parsed_6d2u 2
51 1 . . . . . 2.87 2.67 3.07 parsed_6d2u 2
52 1 . . . . . 1.86 1.66 2.06 parsed_6d2u 2
53 1 . . . . . 2.81 2.61 3.01 parsed_6d2u 2
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56 1 . . . . . 3.63 3.43 3.83 parsed_6d2u 2
57 1 . . . . . 2.87 2.67 3.07 parsed_6d2u 2
58 1 . . . . . 1.86 1.66 2.06 parsed_6d2u 2
59 1 . . . . . 2.81 2.61 3.01 parsed_6d2u 2
60 1 . . . . . 2.81 2.61 3.01 parsed_6d2u 2
61 1 . . . . . 3.58 3.38 3.78 parsed_6d2u 2
62 1 . . . . . 3.63 3.43 3.83 parsed_6d2u 2
63 1 . . . . . 2.87 2.67 3.07 parsed_6d2u 2
64 1 . . . . . 1.86 1.66 2.06 parsed_6d2u 2
65 1 . . . . . 2.81 2.61 3.01 parsed_6d2u 2
66 1 . . . . . 2.81 2.61 3.01 parsed_6d2u 2
67 1 . . . . . 3.58 3.38 3.78 parsed_6d2u 2
68 1 . . . . . 3.63 3.43 3.83 parsed_6d2u 2
stop_
loop_
_Dist_constraint_comment_org.ID
_Dist_constraint_comment_org.Comment_text
_Dist_constraint_comment_org.Comment_begin_line
_Dist_constraint_comment_org.Comment_begin_column
_Dist_constraint_comment_org.Comment_end_line
_Dist_constraint_comment_org.Comment_end_column
_Dist_constraint_comment_org.Entry_ID
_Dist_constraint_comment_org.Distance_constraint_list_ID
1
;
amino acid to nucleic base
for Arg 5 to G28 (turned off for initial folding)
;
2 1 3 52 parsed_6d2u 2
2
;
Arg 3 to G26
assign ( resid 3 and name HH12 ) ( resid 26 and name O6 ) 3.5 1.6 1.6
assign ( resid 3 and name HH22 ) ( resid 26 and name N7 ) 3.5 1.6 1.6
Arg 8 to G34 (turned off for initial folding)
assign ( resid 8 and name HH1# ) ( resid 34 and name O6 ) 1.73 0.2 0.2
assign ( resid 8 and name NH1 ) ( resid 34 and name O6 ) 2.87 0.2 0.2
assign ( resid 8 and name HE ) ( resid 34 and name N7 ) 1.86 0.2 0.2
assign ( resid 8 and name NE ) ( resid 34 and name N7 ) 2.81 0.2 0.2
Lys 6 to U25 (not quite sure??? possible??)
;
10 1 22 45 parsed_6d2u 2
3
;
Base pairing for HIV TAR in complex with JB181 peptide
Taken from data collected at 4C on the 500MHz instrument
using noesyesgpph pulse sequence with 300ms
for G17/ C45 base pair
;
27 1 33 27 parsed_6d2u 2
4 "for G18/ C44 base pair" 42 1 42 27 parsed_6d2u 2
5 "for G43/ C19 base pair" 50 1 50 27 parsed_6d2u 2
6 "for A20/ U42 base pair" 58 1 58 25 parsed_6d2u 2
7 "for G21/ C41 base pair" 63 1 63 27 parsed_6d2u 2
8 "for A22/ U40 base pair" 72 1 72 25 parsed_6d2u 2
9 "for G26/ C39 base pair" 77 1 77 27 parsed_6d2u 2
10 "for U23/ A27 base pair" 85 1 85 25 parsed_6d2u 2
11 "for A27/ U38 base pair" 91 1 91 25 parsed_6d2u 2
12 "for G28/ C37 base pair" 97 1 97 27 parsed_6d2u 2
13 "for G36/ C29 base pair" 105 1 105 27 parsed_6d2u 2
14 "for C30/G34 #may be here, need high res water noesy" 114 1 114 56 parsed_6d2u 2
15
;
U31 - G34
assign (residue 31 and name H3) (residue 34 and name O6) 1.9 0.1 0.30
assign (residue 31 and name N3) (residue 34 and name O6) 3.0 0.28 0.08
assign (residue 31 and name O2) (residue 34 and name H1) 1.9 0.1 0.30
assign (residue 31 and name O2) (residue 34 and name N1) 3.0 0.28 0.08
;
123 1 127 73 parsed_6d2u 2
stop_
loop_
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1 "# Restraints file 4: TAR_181_hbond.tbl" 1 1 1 38 parsed_6d2u 2
stop_
save_
Contact the webmaster for help, if required. Saturday, April 27, 2024 5:05:58 PM GMT (wattos1)