NMR Restraints Grid
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NMR Restraints Grid |
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Result table
| image | mrblock_id | pdb_id | cing | stage | program | type | subtype | item_count |
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29648 |
1b6y   |
cing | 2-parsed | STAR | entry | full | 149 |
data_1b6y_MR_file_constraints
save_Conversion_project
_Study_list.Sf_category study_list
_Study_list.Entry_ID parsed_1b6y
_Study_list.ID 1
loop_
_Study.ID
_Study.Name
_Study.Type
_Study.Details
_Study.Entry_ID
_Study.Study_list_ID
1 "Conversion project" NMR . parsed_1b6y 1
stop_
save_
save_entry_information
_Entry.Sf_category entry_information
_Entry.ID parsed_1b6y
_Entry.Title "Original constraint list(s)"
_Entry.Version_type original
_Entry.Submission_date .
_Entry.Accession_date .
_Entry.Last_release_date .
_Entry.Original_release_date .
_Entry.Origination .
_Entry.NMR_STAR_version 3.1
_Entry.Original_NMR_STAR_version .
_Entry.Experimental_method NMR
_Entry.Experimental_method_subtype .
loop_
_Related_entries.Database_name
_Related_entries.Database_accession_code
_Related_entries.Relationship
_Related_entries.Entry_ID
PDB 1b6y "Master copy" parsed_1b6y
stop_
save_
save_global_Org_file_characteristics
_Constraint_stat_list.Sf_category constraint_statistics
_Constraint_stat_list.Entry_ID parsed_1b6y
_Constraint_stat_list.ID 1
loop_
_Constraint_file.ID
_Constraint_file.Constraint_filename
_Constraint_file.Software_ID
_Constraint_file.Software_label
_Constraint_file.Software_name
_Constraint_file.Block_ID
_Constraint_file.Constraint_type
_Constraint_file.Constraint_subtype
_Constraint_file.Constraint_subsubtype
_Constraint_file.Constraint_number
_Constraint_file.Entry_ID
_Constraint_file.Constraint_stat_list_ID
1 1b6y.mr . . "MR format" 1 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_1b6y 1
1 1b6y.mr . . XPLOR/CNS 2 distance NOE simple 149 parsed_1b6y 1
1 1b6y.mr . . XPLOR/CNS 3 peak "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_1b6y 1
1 1b6y.mr . . "MR format" 4 "nomenclature mapping" "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_1b6y 1
stop_
save_
save_MR_file_comment_1
_Org_constr_file_comment.Sf_category org_constr_file_comment
_Org_constr_file_comment.Entry_ID parsed_1b6y
_Org_constr_file_comment.ID 1
_Org_constr_file_comment.Constraint_file_ID 1
_Org_constr_file_comment.Block_ID 1
_Org_constr_file_comment.Details "Generated by Wattos"
_Org_constr_file_comment.Comment
;
*HEADER DEOXYRIBONUCLEIC ACID 19-JAN-99 1B6Y
*TITLE 3,N4-ETHENO-2'-DEOXYCYTIDINE OPPOSITE ADENINE IN AN 11-MER
*TITLE 2 DUPLEX, SOLUTION STRUCTURE FROM NMR AND MOLECULAR DYNAMICS,
*TITLE 3 2 STRUCTURES
*COMPND MOL_ID: 1;
*COMPND 2 MOLECULE: 11-MER DNA DUPLEX;
*COMPND 3 CHAIN: A, B;
*COMPND 4 ENGINEERED: YES
*SOURCE MOL_ID: 1;
*SOURCE 2 SYNTHETIC: NON-BIOLOGICAL SEQUENCE
*KEYWDS DEOXYRIBONUCLEIC ACID, ETHENODC, EDC, EXOCYCLIC LESION
*EXPDTA NMR, 2 STRUCTURES
*AUTHOR A.KOROBKA,D.CULLINAN,M.COSMAN,A.P.GROLLMAN,D.J.PATEL,
*AUTHOR 2 M.EISENBERG,C.DE LOS SANTOS
*REVDAT 1 12-OCT-04 1B6Y 0
;
save_
save_CNS/XPLOR_distance_constraints_2
_Distance_constraint_list.Sf_category distance_constraints
_Distance_constraint_list.Entry_ID parsed_1b6y
_Distance_constraint_list.ID 1
_Distance_constraint_list.Constraint_type NOE
_Distance_constraint_list.Constraint_file_ID 1
_Distance_constraint_list.Block_ID 2
_Distance_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
loop_
_Dist_constraint_tree.Constraint_ID
_Dist_constraint_tree.Node_ID
_Dist_constraint_tree.Down_node_ID
_Dist_constraint_tree.Right_node_ID
_Dist_constraint_tree.Logic_operation
_Dist_constraint_tree.Entry_ID
_Dist_constraint_tree.Distance_constraint_list_ID
1 1 . . . parsed_1b6y 1
2 1 . . . parsed_1b6y 1
3 1 . . . parsed_1b6y 1
4 1 . . . parsed_1b6y 1
5 1 . . . parsed_1b6y 1
6 1 . . . parsed_1b6y 1
7 1 . . . parsed_1b6y 1
8 1 . . . parsed_1b6y 1
9 1 . . . parsed_1b6y 1
10 1 . . . parsed_1b6y 1
11 1 . . . parsed_1b6y 1
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40 1 . . . parsed_1b6y 1
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55 1 . . . parsed_1b6y 1
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57 1 . . . parsed_1b6y 1
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59 1 . . . parsed_1b6y 1
60 1 . . . parsed_1b6y 1
61 1 . . . parsed_1b6y 1
62 1 . . . parsed_1b6y 1
63 1 . . . parsed_1b6y 1
64 1 . . . parsed_1b6y 1
65 1 . . . parsed_1b6y 1
66 1 . . . parsed_1b6y 1
67 1 . . . parsed_1b6y 1
68 1 . . . parsed_1b6y 1
69 1 . . . parsed_1b6y 1
70 1 . . . parsed_1b6y 1
71 1 . . . parsed_1b6y 1
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73 1 . . . parsed_1b6y 1
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85 1 . . . parsed_1b6y 1
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87 1 . . . parsed_1b6y 1
88 1 . . . parsed_1b6y 1
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99 1 . . . parsed_1b6y 1
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101 1 . . . parsed_1b6y 1
102 1 . . . parsed_1b6y 1
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104 1 . . . parsed_1b6y 1
105 1 . . . parsed_1b6y 1
106 1 . . . parsed_1b6y 1
107 1 . . . parsed_1b6y 1
108 1 . . . parsed_1b6y 1
109 1 . . . parsed_1b6y 1
110 1 . . . parsed_1b6y 1
111 1 . . . parsed_1b6y 1
112 1 . . . parsed_1b6y 1
113 1 . . . parsed_1b6y 1
114 1 . . . parsed_1b6y 1
115 1 . . . parsed_1b6y 1
116 1 . . . parsed_1b6y 1
117 1 . . . parsed_1b6y 1
118 1 . . . parsed_1b6y 1
119 1 . . . parsed_1b6y 1
120 1 . . . parsed_1b6y 1
121 1 . . . parsed_1b6y 1
122 1 . . . parsed_1b6y 1
123 1 . . . parsed_1b6y 1
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125 1 . . . parsed_1b6y 1
126 1 . . . parsed_1b6y 1
127 1 . . . parsed_1b6y 1
128 1 . . . parsed_1b6y 1
129 1 . . . parsed_1b6y 1
130 1 . . . parsed_1b6y 1
131 1 . . . parsed_1b6y 1
132 1 . . . parsed_1b6y 1
133 1 . . . parsed_1b6y 1
134 1 . . . parsed_1b6y 1
135 1 . . . parsed_1b6y 1
136 1 . . . parsed_1b6y 1
137 1 . . . parsed_1b6y 1
138 1 . . . parsed_1b6y 1
139 1 . . . parsed_1b6y 1
140 1 . . . parsed_1b6y 1
141 1 . . . parsed_1b6y 1
142 1 . . . parsed_1b6y 1
143 1 . . . parsed_1b6y 1
144 1 . . . parsed_1b6y 1
145 1 . . . parsed_1b6y 1
146 1 . . . parsed_1b6y 1
147 1 . . . parsed_1b6y 1
148 1 . . . parsed_1b6y 1
149 1 . . . parsed_1b6y 1
stop_
loop_
_Dist_constraint.Tree_node_member_constraint_ID
_Dist_constraint.Tree_node_member_node_ID
_Dist_constraint.Constraint_tree_node_member_ID
_Dist_constraint.Assembly_atom_ID
_Dist_constraint.Entity_assembly_ID
_Dist_constraint.Entity_ID
_Dist_constraint.Comp_index_ID
_Dist_constraint.Seq_ID
_Dist_constraint.Comp_ID
_Dist_constraint.Atom_ID
_Dist_constraint.Resonance_ID
_Dist_constraint.Auth_asym_ID
_Dist_constraint.Auth_seq_ID
_Dist_constraint.Auth_comp_ID
_Dist_constraint.Auth_atom_ID
_Dist_constraint.Entry_ID
_Dist_constraint.Distance_constraint_list_ID
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27 1 2 . . . . . . . . STR2 6 . H1* parsed_1b6y 1
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44 1 2 . . . . . . . . STR1 3 . H1* parsed_1b6y 1
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stop_
loop_
_Dist_constraint_comment_org.ID
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_Dist_constraint_comment_org.Comment_begin_line
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_Dist_constraint_comment_org.Comment_end_line
_Dist_constraint_comment_org.Comment_end_column
_Dist_constraint_comment_org.Entry_ID
_Dist_constraint_comment_org.Distance_constraint_list_ID
1
;
These files contain the various types of restraints that were
used in the dynamics. First the normal NOE distance restraints,
then some distance constraints that were only used during the
full relaxation matrix back calculation (based on data in H2O),
then the volumes for the full relaxation matrix.
;
2 1 6 57 parsed_1b6y 1
stop_
loop_
_Dist_constraint_parse_err.ID
_Dist_constraint_parse_err.Content
_Dist_constraint_parse_err.Begin_line
_Dist_constraint_parse_err.Begin_column
_Dist_constraint_parse_err.End_line
_Dist_constraint_parse_err.End_column
_Dist_constraint_parse_err.Entry_ID
_Dist_constraint_parse_err.Distance_constraint_list_ID
1
;
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( resid 7 and name1H2* and segid STR2 ) 2.32 0.50 0.50
;
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2
;
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( resid 7 and name1H2* and segid STR1 ) 2.12 0.50 0.50
;
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3
;
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( resid 5 and name1H2* and segid STR1 ) 4.26 0.50 0.50
;
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4
;
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( resid 7 and name1H2* and segid STR1 ) 4.80 0.50 0.50
;
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5
;
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( resid 7 and name1H2* and segid STR1 ) 3.20 0.50 0.50
;
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6
;
assign ( resid 7 and name H1* and segid STR2 )
( resid 7 and name1H2* and segid STR2 ) 2.94 0.50 0.50
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7
;
assign ( resid 6 and name H1* and segid STR1 )
( resid 6 and name1H2* and segid STR1 ) 3.09 0.50 0.50
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8
;
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( resid 6 and name1H2* and segid STR2 ) 4.00 0.40 0.40
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9
;
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( resid 6 and name1H2* and segid STR2 ) 4.20 0.60 0.60
;
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10
;
assign ( resid 9 and name H8 and segid STR2 )
( resid 9 and name1H2* and segid STR2 ) 2.10 0.50 0.50
;
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11
;
assign ( resid 4 and name H8 and segid STR1 )
( resid 4 and name1H2* and segid STR1 ) 2.21 0.50 0.50
;
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12
;
assign ( resid 2 and name H8 and segid STR1 )
( resid 2 and name1H2* and segid STR1 ) 2.25 0.50 0.50
;
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13
;
assign ( resid 1 and name H8 and segid STR2 )
( resid 1 and name1H2* and segid STR2 ) 2.35 0.50 0.50
;
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14
;
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( resid 11 and name1H2* and segid STR2 ) 3.00 0.50 0.50
;
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15
;
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( resid 1 and name1H2* and segid STR1 ) 2.33 0.50 0.50
;
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16
;
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( resid 2 and name1H2* and segid STR2 ) 2.09 0.50 0.50
;
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17
;
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( resid 4 and name1H2* and segid STR2 ) 2.28 0.50 0.50
;
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18
;
assign ( resid 10 and name H6 and segid STR2 )
( resid 10 and name1H2* and segid STR2 ) 2.27 0.50 0.50
;
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19
;
assign ( resid 8 and name H6 and segid STR2 )
( resid 8 and name1H2* and segid STR2 ) 2.10 0.50 0.50
;
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20
;
assign ( resid 10 and name H5 and segid STR2 )
( resid 10 and name1H2* and segid STR2 ) 5.00 0.50 0.75
;
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21
;
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( resid 2 and name1H2* and segid STR2 ) 3.80 0.50 0.50
;
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22
;
assign ( resid 4 and name H1* and segid STR2 )
( resid 4 and name1H2* and segid STR2 ) 3.40 0.50 0.50
;
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23
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( resid 10 and name1H2* and segid STR2 ) 2.80 0.50 0.50
;
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24
;
assign ( resid 11 and name H1* and segid STR2 )
( resid 11 and name1H2* and segid STR2 ) 2.28 0.50 0.50
;
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25
;
assign ( resid 9 and name H1* and segid STR1 )
( resid 9 and name1H2* and segid STR1 ) 3.36 0.50 0.50
;
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26
;
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( resid 3 and name1H2* and segid STR1 ) 3.38 0.50 0.50
;
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27
;
assign ( resid 8 and name H8 and segid STR1 )
( resid 7 and name1H2* and segid STR1 ) 3.75 0.50 0.50
;
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28
;
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( resid 2 and name1H2* and segid STR2 ) 3.82 0.40 0.40
;
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29
;
assign ( resid 9 and name H8 and segid STR2 )
( resid 8 and name1H2* and segid STR2 ) 3.60 0.40 0.40
;
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30
;
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( resid 3 and name1H2* and segid STR1 ) 3.60 0.50 0.50
;
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31
;
assign ( resid 2 and name H8 and segid STR1 )
( resid 1 and name1H2* and segid STR1 ) 3.24 0.50 0.50
;
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32
;
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( resid 10 and name1H2* and segid STR2 ) 3.45 0.50 0.50
;
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33
;
assign ( resid 10 and name H8 and segid STR1 )
( resid 9 and name1H2* and segid STR1 ) 3.45 0.40 0.40
;
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34
;
assign ( resid 5 and name H8 and segid STR2 )
( resid 4 and name1H2* and segid STR2 ) 3.31 0.50 0.50
;
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35
;
assign ( resid 2 and name H6 and segid STR2 )
( resid 1 and name1H2* and segid STR2 ) 3.10 0.50 0.50
;
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36
;
assign ( resid 11 and name H6 and segid STR1 )
( resid 10 and name1H2* and segid STR1 ) 3.19 0.50 0.50
;
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37
;
assign ( resid 9 and name H6 and segid STR1 )
( resid 8 and name1H2* and segid STR1 ) 4.23 0.50 0.50
;
452 1 453 66 parsed_1b6y 1
38
;
assign ( resid 4 and name H6 and segid STR2 )
( resid 3 and name1H2* and segid STR2 ) 3.30 0.50 0.50
;
455 1 456 66 parsed_1b6y 1
39
;
assign ( resid 8 and name H6 and segid STR2 )
( resid 7 and name1H2* and segid STR2 ) 3.63 0.50 0.50
;
458 1 459 66 parsed_1b6y 1
40
;
assign ( resid 5 and name H6 and segid STR1 )
( resid 4 and name1H2* and segid STR1 ) 3.23 0.50 0.50
;
461 1 462 66 parsed_1b6y 1
41
;
assign ( resid 2 and name H5 and segid STR2 )
( resid 1 and name1H2* and segid STR2 ) 3.70 0.50 0.50
;
464 1 465 65 parsed_1b6y 1
42
;
assign ( resid 11 and name H5 and segid STR1 )
( resid 10 and name1H2* and segid STR1 ) 4.18 0.50 0.50
;
467 1 468 66 parsed_1b6y 1
43
;
assign ( resid 5 and name H5 and segid STR1 )
( resid 4 and name1H2* and segid STR1 ) 4.15 0.50 0.50
;
470 1 471 66 parsed_1b6y 1
stop_
save_
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