*HEADER    RNA                                     07-MAR-00   1EKD              
*TITLE     NMR AND MOLECULAR MODELING REVEAL THAT DIFFERENT HYDROGEN             
*TITLE    2 BONDING PATTERNS ARE POSSIBLE FOR GU PAIRS: ONE HYDROGEN             
*TITLE    3 BOND FOR EACH GU PAIR IN R(GGCGUGCC)2 AND TWO FOR EACH GU            
*TITLE    4 PAIR IN R(GAGUGCUC)2                                                 
*COMPND    MOL_ID: 1;                                                            
*COMPND   2 MOLECULE: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*GP*UP*GP*CP*C)-3');                    
*COMPND   3 CHAIN: A, B;                                                         
*COMPND   4 ENGINEERED: YES                                                      
*SOURCE    MOL_ID: 1;                                                            
*SOURCE   2 SYNTHETIC: YES                                                       
*KEYWDS    RNA, GU PAIR, HYDROGEN BOND, DOUBLE HELIX                             
*EXPDTA    NMR                                                                   
*AUTHOR    X.CHEN, J.A.MCDOWELL, R.KIERZEK, T.R.KRUGH, D.H.TURNER                
*REVDAT   1   13-NOV-00 1EKD    0                                                

!BIOSYM restraint 1
! 
#distance
!the walk region
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!base _sugar region
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!
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!
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! The second strand begins here!
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!
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!
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1:G_4B:H8       1:G_4B:H5'1      2.189  4.065  25.000  25.000 1000.000
1:G_4B:H8       1:G_4B:H2'       1.600  6.000  25.000  25.000 1000.000
1:G_2B:H8       1:G_2B:H5'1      2.304  4.279  25.000  25.000 1000.000
1:U_5B:H6       1:G_4B:H2'       1.600  6.000  25.000  25.000 1000.000
1:G_6B:H8       1:G_6B:H5'1      2.293  4.258  25.000  25.000 1000.000
!
1:C3'_8B:H5       1:C_7B:H5        2.669  4.957  25.000  25.000 1000.000    
!
! Hydrogen Restraints
! G_C Watson_Crick
!
!big atom restraints
!
1:G5'_1:O6      1:C3'_8B:N4      2.81    3.01    100.000     100.000     1000
1:G5'_1:N1      1:C3'_8B:N3      2.85    3.05    100.000     100.000     1000
1:G5'_1:N2      1:C3'_8B:O2      2.76    2.96    100.000     100.000     1000
1:G_2:O6        1:C_7B:N4        2.81    3.01    100.000     100.000     1000
1:G_2:N1        1:C_7B:N3        2.85    3.05    100.000     100.000     1000
1:G_2:N2        1:C_7B:O2        2.76    2.96    100.000     100.000     1000
1:G_6:O6        1:C_3B:N4        2.81    3.01    100.000     100.000     1000
1:G_6:N1        1:C_3B:N3        2.85    3.05    100.000     100.000     1000
1:G_6:N2        1:C_3B:O2        2.76    2.96    100.000     100.000     1000
!
1:C3'_8:N4      1:G5'_1B:O6      2.81    3.01    100.000     100.000     1000
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1:C_7:N4        1:G_2B:O6        2.81    3.01    100.000     100.000     1000
1:C_7:N3        1:G_2B:N1        2.85    3.05    100.000     100.000     1000
1:C_7:O2        1:G_2B:N2        2.76    2.96    100.000     100.000     1000
1:C_3:N4        1:G_6B:O6        2.81    3.01    100.000     100.000     1000
1:C_3:N3        1:G_6B:N1        2.85    3.05    100.000     100.000     1000
1:C_3:O2        1:G_6B:N2        2.76    2.96    100.000     100.000     1000
!*********
!G_U Mismatch
!
!1:G_4:O6        1:U_5B:N3        2.76    3.05    100      100      1000
1:G_4:N1        1:U_5B:O2        2.76    3.05    100      100      1000
!
!1:U_5:N3        1:G_4B:O6        2.76    3.05    100      100      1000
1:U_5:O2        1:G_4B:N1        2.76    3.05    100      100      1000
!!!!!!!!!!!!!!!
!!  
#NMR_dihedral
!alpha
1:G5'_1:O3'   1:G_2:P       1:G_2:O5'       1:G_2:C5'   -150 150 25 25 1000
1:G_2:O3'   1:C_3:P       1:C_3:O5'       1:C_3:C5'   -150 150 25 25 1000  
1:C_3:O3'   1:G_4:P       1:G_4:O5'       1:G_4:C5'   -150 150 25 25 1000 
1:G_4:O3'   1:U_5:P       1:U_5:O5'       1:U_5:C5'   -150 150 25 25 1000 
1:U_5:O3'   1:G_6:P       1:G_6:O5'       1:G_6:C5'   -150 150 25 25 1000 
1:G_6:O3'   1:C_7:P       1:C_7:O5'       1:C_7:C5'   -150 150 25 25 1000 
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!Belta
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    4    H3*    G   1           H3*        G   1  -7.808 -10.653  -1.697
    5    H2*    G   1           H2*        G   1  -7.500 -11.513   0.517
    6   2HO*    G   1          2HO*        G   1  -9.809 -12.218   0.617
    7    H1*    G   1           H1*        G   1  -7.115 -14.081  -0.335
    8    H8     G   1           H8         G   1  -5.576 -12.106  -3.112
    9    H1     G   1           H1         G   1  -1.986 -12.051   2.230
   10   1H2     G   1          1H2         G   1  -4.883 -13.284   3.739
   11   2H2     G   1          2H2         G   1  -3.210 -12.772   3.965
   12    H5T    G   1           H5T        G   1  -7.920 -10.245  -3.707
   13   1H5*    G   2          1H5*        G   2 -10.223 -10.657   1.727
   14   2H5*    G   2          2H5*        G   2 -10.630  -8.996   2.187
   15    H4*    G   2           H4*        G   2  -9.468 -10.271   3.985
   16    H3*    G   2           H3*        G   2  -8.055  -7.843   2.859
   17    H2*    G   2           H2*        G   2  -6.432  -8.151   4.618
   18   2HO*    G   2          2HO*        G   2  -8.181  -8.824   6.138
   19    H1*    G   2           H1*        G   2  -6.240 -10.863   4.299
   20    H8     G   2           H8         G   2  -6.514  -9.318   0.829
   21    H1     G   2           H1         G   2  -0.704  -8.698   3.545
   22   1H2     G   2          1H2         G   2  -2.387  -9.713   6.433
   23   2H2     G   2          2H2         G   2  -0.867  -9.140   5.747
   24   1H5*    C   3          1H5*        C   3  -8.230  -7.248   7.207
   25   2H5*    C   3          2H5*        C   3  -8.423  -5.517   7.528
   26    H4*    C   3           H4*        C   3  -6.363  -6.521   8.537
   27    H3*    C   3           H3*        C   3  -5.958  -4.357   6.455
   28    H2*    C   3           H2*        C   3  -3.619  -4.421   7.115
   29   2HO*    C   3          2HO*        C   3  -4.283  -4.852   9.408
   30    H1*    C   3           H1*        C   3  -3.495  -7.160   7.105
   31   1H4     C   3          1H4         C   3  -3.017  -4.935   0.843
   32   2H4     C   3          2H4         C   3  -1.394  -5.035   1.524
   33    H5     C   3           H5         C   3  -5.024  -5.417   2.237
   34    H6     C   3           H6         C   3  -5.765  -6.012   4.452
   35   1H5*    G   4          1H5*        G   4  -3.722  -3.132   9.937
   36   2H5*    G   4          2H5*        G   4  -3.814  -1.374  10.120
   37    H4*    G   4           H4*        G   4  -1.479  -2.293   9.923
   38    H3*    G   4           H3*        G   4  -2.457  -0.303   7.866
   39    H2*    G   4           H2*        G   4  -0.214  -0.303   6.979
   40   2HO*    G   4          2HO*        G   4   0.602  -0.530   9.295
   41    H1*    G   4           H1*        G   4   0.122  -3.019   7.129
   42    H8     G   4           H8         G   4  -3.413  -2.600   5.910
   43    H1     G   4           H1         G   4   1.044  -1.306   1.434
   44   1H2     G   4          1H2         G   4   3.171  -1.047   4.157
   45   2H2     G   4          2H2         G   4   2.975  -0.929   2.405
   46   1H5*    U   5          1H5*        U   5   1.300   1.325   8.789
   47   2H5*    U   5          2H5*        U   5   1.111   3.071   9.026
   48    H4*    U   5           H4*        U   5   2.675   2.564   7.184
   49    H3*    U   5           H3*        U   5   0.074   3.893   6.442
   50    H2*    U   5           H2*        U   5   0.840   4.093   4.222
   51   2HO*    U   5          2HO*        U   5   3.040   4.718   4.873
   52    H1*    U   5           H1*        U   5   2.082   1.622   4.135
   53    H3     U   5           H3         U   5  -1.321   1.444   1.082
   54    H5     U   5           H5         U   5  -3.274   1.226   4.788
   55    H6     U   5           H6         U   5  -1.157   1.594   5.892
   56   1H5*    G   6          1H5*        G   6   4.141   6.365   6.169
   57   2H5*    G   6          2H5*        G   6   3.699   8.083   6.201
   58    H4*    G   6           H4*        G   6   5.461   7.603   4.537
   59    H3*    G   6           H3*        G   6   2.790   8.513   3.440
   60    H2*    G   6           H2*        G   6   3.848   8.569   1.266
   61   2HO*    G   6          2HO*        G   6   5.912   9.319   2.340
   62    H1*    G   6           H1*        G   6   5.093   6.159   1.537
   63    H8     G   6           H8         G   6   1.742   5.711   3.223
   64    H1     G   6           H1         G   6   1.412   5.683  -3.195
   65   1H2     G   6          1H2         G   6   4.619   7.065  -2.973
   66   2H2     G   6          2H2         G   6   3.285   6.599  -4.032
   67   1H5*    C   7          1H5*        C   7   5.784  11.039   1.540
   68   2H5*    C   7          2H5*        C   7   5.162  12.694   1.458
   69    H4*    C   7           H4*        C   7   5.784  11.748  -0.771
   70    H3*    C   7           H3*        C   7   2.886  12.479  -0.300
   71    H2*    C   7           H2*        C   7   2.535  12.051  -2.646
   72   2HO*    C   7          2HO*        C   7   4.730  12.998  -3.109
   73    H1*    C   7           H1*        C   7   4.070   9.763  -2.692
   74   1H4     C   7          1H4         C   7  -1.760   7.695  -0.387
   75   2H4     C   7          2H4         C   7  -1.817   7.588  -2.143
   76    H5     C   7           H5         C   7   0.093   8.858   0.781
   77    H6     C   7           H6         C   7   2.237   9.916   0.472
   78   1H5*    C   8          1H5*        C   8   4.242  14.589  -4.010
   79   2H5*    C   8          2H5*        C   8   3.570  16.227  -3.916
   80    H4*    C   8           H4*        C   8   2.922  15.164  -6.031
   81    H3*    C   8           H3*        C   8   0.628  15.487  -4.052
   82    H2*    C   8           H2*        C   8  -0.817  14.818  -5.822
   83   2HO*    C   8          2HO*        C   8   0.567  16.093  -7.379
   84    H1*    C   8           H1*        C   8   0.902  12.830  -6.746
   85   1H4     C   8          1H4         C   8  -2.721  10.478  -1.659
   86   2H4     C   8          2H4         C   8  -3.488   9.965  -3.159
   87    H5     C   8           H5         C   8  -0.793  12.036  -1.657
   88    H6     C   8           H6         C   8   0.738  13.256  -3.070
   89    H3T    C   8           H3T        C   8   1.574  17.436  -4.718
   90   1H5*    G   1          1H5*        G   1 -11.675   6.581  -9.088
   91   2H5*    G   1          2H5*        G   1 -10.950   5.157  -9.851
   92    H4*    G   1           H4*        G   1  -9.993   7.089 -10.890
   93    H3*    G   1           H3*        G   1  -8.055   5.875  -8.898
   94    H2*    G   1           H2*        G   1  -6.413   7.375  -9.779
   95   2HO*    G   1          2HO*        G   1  -7.354   7.162 -12.002
   96    H1*    G   1           H1*        G   1  -8.073   9.543  -9.670
   97    H8     G   1           H8         G   1  -9.180   7.601  -6.679
   98    H1     G   1           H1         G   1  -3.432  10.367  -5.816
   99   1H2     G   1          1H2         G   1  -3.528  10.779  -9.280
  100   2H2     G   1          2H2         G   1  -2.607  11.019  -7.796
  101    H5T    G   1           H5T        G   1  -9.643   4.880  -8.056
  102   1H5*    G   2          1H5*        G   2  -5.840   5.923 -12.374
  103   2H5*    G   2          2H5*        G   2  -4.916   4.424 -12.560
  104    H4*    G   2           H4*        G   2  -3.493   6.466 -12.534
  105    H3*    G   2           H3*        G   2  -3.106   4.521 -10.243
  106    H2*    G   2           H2*        G   2  -1.189   5.874  -9.654
  107   2HO*    G   2          2HO*        G   2  -0.690   6.221 -11.989
  108    H1*    G   2           H1*        G   2  -2.491   8.265 -10.018
  109    H8     G   2           H8         G   2  -4.947   5.872  -8.378
  110    H1     G   2           H1         G   2  -0.528   8.278  -4.351
  111   1H2     G   2          1H2         G   2   1.020   9.312  -7.308
  112   2H2     G   2          2H2         G   2   1.135   9.206  -5.551
  113   1H5*    C   3          1H5*        C   3   0.820   5.086 -12.080
  114   2H5*    C   3          2H5*        C   3   1.736   3.573 -11.980
  115    H4*    C   3           H4*        C   3   2.843   5.509 -10.844
  116    H3*    C   3           H3*        C   3   2.027   3.191  -9.067
  117    H2*    C   3           H2*        C   3   3.314   4.326  -7.342
  118   2HO*    C   3          2HO*        C   3   4.903   5.065  -9.025
  119    H1*    C   3           H1*        C   3   2.248   6.789  -7.917
  120   1H4     C   3          1H4         C   3  -2.100   3.337  -4.231
  121   2H4     C   3          2H4         C   3  -1.044   4.238  -3.146
  122    H5     C   3           H5         C   3  -1.727   3.356  -6.694
  123    H6     C   3           H6         C   3  -0.291   4.185  -8.445
  124   1H5*    G   4          1H5*        G   4   6.192   3.901  -8.298
  125   2H5*    G   4          2H5*        G   4   7.038   2.369  -8.025
  126    H4*    G   4           H4*        G   4   7.215   4.011  -6.131
  127    H3*    G   4           H3*        G   4   5.898   1.338  -5.591
  128    H2*    G   4           H2*        G   4   5.876   1.992  -3.263
  129   2HO*    G   4          2HO*        G   4   8.040   3.107  -3.644
  130    H1*    G   4           H1*        G   4   5.030   4.556  -3.744
  131    H8     G   4           H8         G   4   3.029   2.481  -6.154
  132    H1     G   4           H1         G   4   1.098   1.881  -0.032
  133   1H2     G   4          1H2         G   4   2.681   2.582   1.314
  134   2H2     G   4          2H2         G   4   4.202   3.237   0.697
  135   1H5*    U   5          1H5*        U   5   8.506   1.577  -2.360
  136   2H5*    U   5          2H5*        U   5   9.348   0.029  -2.165
  137    H4*    U   5           H4*        U   5   8.032   0.619  -0.154
  138    H3*    U   5           H3*        U   5   7.093  -1.779  -1.726
  139    H2*    U   5           H2*        U   5   5.510  -2.213  -0.029
  140   2HO*    U   5          2HO*        U   5   7.004  -1.715   1.743
  141    H1*    U   5           H1*        U   5   4.854   0.442   0.399
  142    H3     U   5           H3         U   5   1.090  -1.604  -1.233
  143    H5     U   5           H5         U   5   3.550  -1.144  -4.599
  144    H6     U   5           H6         U   5   5.319  -0.343  -3.162
  145   1H5*    G   6          1H5*        G   6   9.094  -2.395   2.530
  146   2H5*    G   6          2H5*        G   6   9.672  -4.071   2.610
  147    H4*    G   6           H4*        G   6   8.577  -3.358   4.707
  148    H3*    G   6           H3*        G   6   7.143  -5.521   3.144
  149    H2*    G   6           H2*        G   6   5.644  -5.684   5.043
  150   2HO*    G   6          2HO*        G   6   7.538  -5.203   6.520
  151    H1*    G   6           H1*        G   6   5.310  -2.990   5.296
  152    H8     G   6           H8         G   6   5.541  -3.533   1.579
  153    H1     G   6           H1         G   6  -0.104  -5.337   4.062
  154   1H2     G   6          1H2         G   6   1.627  -5.185   7.099
  155   2H2     G   6          2H2         G   6   0.115  -5.596   6.281
  156   1H5*    C   7          1H5*        C   7   7.422  -6.982   7.189
  157   2H5*    C   7          2H5*        C   7   7.818  -8.708   7.174
  158    H4*    C   7           H4*        C   7   5.702  -8.182   8.394
  159    H3*    C   7           H3*        C   7   5.479  -9.904   5.911
  160    H2*    C   7           H2*        C   7   3.176 -10.266   6.574
  161   2HO*    C   7          2HO*        C   7   3.894 -10.245   8.909
  162    H1*    C   7           H1*        C   7   2.732  -7.624   7.203
  163   1H4     C   7          1H4         C   7   2.101  -7.655   0.645
  164   2H4     C   7          2H4         C   7   0.527  -8.063   1.320
  165    H5     C   7           H5         C   7   4.138  -7.583   2.049
  166    H6     C   7           H6         C   7   4.954  -7.701   4.312
  167   1H5*    C   8          1H5*        C   8   3.556 -12.076   9.237
  168   2H5*    C   8          2H5*        C   8   4.038 -13.776   9.116
  169    H4*    C   8           H4*        C   8   1.590 -13.584   9.169
  170    H3*    C   8           H3*        C   8   2.707 -14.404   6.456
  171    H2*    C   8           H2*        C   8   0.451 -14.822   5.809
  172   2HO*    C   8          2HO*        C   8   0.008 -15.685   8.049
  173    H1*    C   8           H1*        C   8  -0.539 -12.537   7.049
  174   1H4     C   8          1H4         C   8   1.915 -10.861   1.083
  175   2H4     C   8          2H4         C   8   0.180 -11.108   0.909
  176    H5     C   8           H5         C   8   3.092 -11.385   3.202
  177    H6     C   8           H6         C   8   2.783 -12.131   5.477
  178    H3T    C   8           H3T        C   8   3.152 -15.863   8.132